纳豆菌种在分类上属于枯草芽孢杆菌（Bacillus subtilis），对纳豆菌种分子生物学的研究，包括纳豆菌种基因组学研究和功能基因研究。

纳豆菌种基因组学研究从宏观角度分析纳豆菌种全基因组，并与枯草芽孢杆菌其他菌株及枯草芽孢杆菌近缘种的全基因组进行比对分析；功能基因的研究则从基因的角度对菌种纳豆生产活性相关的功能基因（如γ-聚谷氨酸合成基因和纳豆激酶基因）进行分析研究。

纳豆菌种基因组学及功能基因等分子生物学研究，有助于分析菌种基因型与表型的关系，能够为通过分子改造等生物技术手段获得优良菌种奠定理论和物质基础。（刘勇）