中国工业微生物菌种保藏管理中心（CICC）挂靠于中国食品发酵工业研究院，是我国最早从事工业微生物菌种资源保藏管理与科技服务的机构。
1953年，原上海工业实验所组建工业微生物菌种保藏小组（CICC前身）。
1956年，菌种保藏小组引进国际领先的微生物菌种冷冻干燥真空保藏技术。
1958年，菌种保藏小组随轻工业部发酵工业科学研究所（原上海工业实验所）迁入北京，健全菌种保藏管理制度及相关技术体系。
1979年，中国工业微生物菌种保藏管理中心（CICC）在菌种保藏小组的基础上正式成立，并在全国8个重要省市建立分站。
二十世纪80年代，CICC全面系统地调查和收集了我国工业微生物菌种资源，并完成资源的整理、鉴定、编目和资源档案库的建设工作。期间承担的重点科研项目包括：“工业微生物菌种分类鉴定命名编目的研究（1981-1983，轻工业部）”；“酒类、酱油霉菌和酵母菌生产性能测定的研究（1984-1986，轻工业部）”；“糖苷酶优良生产菌株的选育（1983-1986，国家科委六五攻关项目）”；“啤酒酵母性能改造及啤酒快速发酵（1986-1990，国家科委七五攻关项目）”。
二十世纪90年代，承担原轻工业部科技发展基金项目“食品工业微生物数据库的研制（1990-1992）”和国家科委八五攻关项目“衣康酸的研制与开发（1990-1995年）”项目，开展菌种资源科学化管理及产业化应用初探。
二十一世纪初，CICC加快机构的现代化建设步伐，对内部架构、人才配置、业务范围、产品系列和发展方向进行重组规划，对设施设备进行改造升级，建立分子生物学实验室，引进微生物菌种鉴定分析系统，完善液氮超低温保藏设施和低温菌种库，初步实现工业微生物菌种资源的科学化管理、对外技术服务和社会共享。
2001年，CICC创建中国工业微生物菌种资源网（www.china-cicc.org），在国内率先实现菌种资源的网上共享。
2002年，CICC搭建国际工业微生物菌种资源交流平台，为国内企业和科研机构提供全球微生物菌种资源的委托引进服务。
2003年，CICC参加科技部国家基础条件平台专项国家微生物资源平台建设和共享试点项目，负责全国工业微生物资源的标准化整理、整合和共享平台建设。
2004年，CICC加入国际菌种保藏联合会（WFCC），成为其会员之一。
2005年，承担国家基础条件平台专项“工业微生物资源整理整合”任务，在国内率先建立菌种多相鉴定技术体系。
2007年，在国家工商总局注册CICC®商标权；
“工业微生物菌种资源共享平台建设”获得中国轻工业联合会科学技术进步一等奖。
2008年，“食品工业微生物菌种资源标准化整理整合与共享体系建设”获得中国食品科学技术学会科技创新一等奖。
2010年，完成“北京市病原微生物实验室”生物安全管理备案。
2011年， CICC作为国家微生物资源平台工业微生物子平台，通过国家科技部、财政部的联合认定，得到国家基础条件平台的长期支持与指导。
2012年，CICC完成与国际三大质控微生物生产商法国生物梅里埃（bioMérieux）、美国赛默飞世尔科技（Thermo Fisher Scientific）和美国Microbiologics（MBL）公司建立的战略合作关系，搭建国内首家质控微生物产品商贸平台（www.qcm.net.cn）。
CICC通过ISO 9001：2008质量管理体系认证，成为我国首家将微生物菌种加工制备、保藏、销售、鉴定、评价和进口业务全面通过国际标准认证的机构。
CICC组织召开首届“工业企业微生物安全控制技术与实践研讨会”。
2013年，CICC代表中国食品发酵工业研究院，荣获中国轻工业集团先进集体表彰。
CICC组织召开首届 “中国微生物与白酒酿造技术研讨会”。
2014年，CICC承担的国家自然科学基金项目“西沙群岛野生诺尼种子内生菌的群落结构与多样性研究（2014-2016年）”项目。
CICC出版发行《食品安全国家标准食品微生物检验标准菌株图鉴》，填补了我国标准菌株实验操作的空白，本书为中心承担的国家十二五科技支撑计划子课题“传统发酵食品制造危害微生物检验控制标准菌株研究与应用”的研究成果。
“芝麻香白酒酿造微生物资源挖掘与菌种库建设”获得中国食品科学技术学会科技创新二等奖。“芝麻香型白酒高温大曲细菌区系研究与产业应用”获得中国酒业协会科学技术二等奖。“L-天冬氨酸的高效生物转化技术及产业化“获得全国工商联科技进步二等奖。
2015年，CICC建立微生物菌种出口销售平台。
CICC作为中国食品发酵工业研究院的科普核心团队，顺利加入北京市中学“创新人才培养协作体”，并取得“北京市科普教育基地”的授牌。
2016年，CICC 研制的“肠沙门氏菌肠亚种”和“福氏志贺氏菌”标样样本通过全国标准化样品管理委员会审核。
