国家自然科技资源平台放线菌菌种资源描述规范（试行）
《微生物菌种资源描述标准和规范的研究制定
及共享试点建设》项目组
二〇〇四年十二月
目 次
目 次……………………………………………………………………………………………………I
前 言………………………………………………………………………………………………… II
引 言……………………………………………………………………………………………… III
放线菌菌种资源描述规范…………………………………………………………………………………1
附录 国家自然科技资源平台放线菌菌种资源描述表…………………………………………………8
参考文献…………………………………………………………………………………………………10
前 言
本规程由国家自然科技资源平台建设项目提出。
本规程起草单位：中国农业科学院土壤肥料研究所、中国科学院微生物研究所、中国林业科学研究院森林保护研究所、中国药品生物制品检定所、中国医学科学院医药生物技术研究所、中国兽医药品监察所、中国食品发酵工业研究院。
本规程主要起草人：张月琴、刘红宇、黄明玉、姜瑞波、周宇光、顾金刚、朴春根、叶强、陈敏、程池等。
引 言
放线菌是一类（G+C）mol%含量高于50%以上、好氧的革兰氏阳性细菌。至2002年，放线菌所包含的属已达145个，有效描述的种约有2000多个。放线菌是微生物药物的丰硕菌源，目前世界药品市场上来自微生物次生代谢产物的药品中有2/3是由放线菌产生的。
放线菌菌种资源描述规范的制定是规范整理、整合我国现有放线菌资源的基础，是形成药用微生物资源信息网络的前提，也是实现微生物资源社会共享和促进国际交流的需要。
放线菌菌种资源描述规范
1 范围
本规范规定了放线菌菌种资源的描述要素和描述规范。
本规范适用于放线菌菌种资源的收集、整理、保藏，以及数据库和信息共享网络系统的建立。
2 规范性引用文件
下列文件中的条款通过本规范的引用而成为本规范的条款。凡是注日期的引用文件，其随后所有的修改单（不包括勘误的内容）或修订版均不适用于本规范，然而，鼓励根据本标准达成协议的各方研究是否可使用这些文件的最新版本。凡是不注日期的引用文件，其最新版本适用于本规范。
GB 19489 实验室 生物安全通用要求
国务院令第424号《病原微生物实验室生物安全管理条例》
科技部自然科技资源平台联合管理办公室文件《自然科技资源共性描述规范（试行）》
3 术语和定义
下列术语和定义适用于本规范。
3.1
放线菌actinomycetes
放线菌是一类高G+Cmol%的革兰氏阳性细菌，其归属于细菌域（Bacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）。
1.1.1.1.1 3.2
1.1.1.1.2 放线菌菌种资源actinomycete culture resources
指可培养的，有一定科学意义或具有实际或潜在应用价值的放线菌菌株及其相关信息数据。
3.3
二氨基庚二酸diaminopimelic acid DAP
是细菌细胞壁肽聚糖短肽链上的第三位氨基酸，DAP型对放线菌有鉴别意义
3.4
枝菌酸 mycolic acids MA
枝菌酸为α侧链β羟基长链脂肪酸，是细胞膜的重要组成部分。有四个IV 型胞壁的放线菌属含有枝菌酸：棒状杆菌属菌含棒杆菌酸（corynemycolic acid）、红球菌属菌含红球菌枝菌酸（rhodomycolic acid）、诺卡菌属菌含诺卡枝菌酸（nocardomycolic acid）、分枝杆菌属菌含分枝杆菌酸（mycobactomycolic acid）。
3.5
脂肪酸fatty acids FA
到目前为止，在细菌中已发现150多种脂肪酸。在高度标准化的培养与操作条件下，脂肪酸的组成是细菌较稳定的分类学特征。
3.6
磷酸类脂 phospholipids PL
磷酸类脂分布在细胞膜上，是鉴别放线菌的重要指征之一。有分类意义的磷酸类脂有磷脂酰乙醇（PE）、磷脂酰胆碱（PC）、磷脂酰甘油（PG）和含葡萄糖胺的未知结构磷酸类脂（NPG）。
3.7
甲基萘醌 menaquinone MK
醌是细胞质膜的重要组成部分，细菌的醌主要有泛醌（ubiquinone 辅酶Q）和甲基萘醌（menaquinone MK）。至今，在革兰氏阳性细菌中只发现甲基萘醌。
甲基萘醌的表示是MKn（H2m）, n为总的异戊烯单位数，m为被饱和的异戊烯单位数。
3.8
胞壁乙酰基
在某些放线菌中，胞壁肽聚糖的N-乙酰胞壁酸上的乙酰基（-NHCOCH3）被乙醇酰基（-NHCOCH2OH）所取代。已测出含乙醇酰基胞壁酸的放线菌有：分枝杆菌（Mycobacteria）、诺卡菌(Nocardia)、红球菌(Rhodococcus)、棒状杆菌(Corynebacteria)、迪茨菌（Dietzia），冢村菌（Tsukamurella） 戈登菌（Gordona）等。
4 要求
4.1 描述要求
－ 描述内容应清楚、准确、力求完整；
－ 要充分考虑菌株的最新研究进展；
－ 能被微生物专业人员所理解。
4.2 描述要素
描述要素分为二类：
－ M: 必备要素，必须描述的要素。
——－ O: 可选要素，其描述与否视具体菌株而定。
5 描述内容
5.1 基本信息
5.1.1 学名(M)
应指明该菌株的完整的科学名称，对于鉴定到属，未鉴定到种的菌株，种名以“sp.”表示；对于未鉴定的菌株，以“unidentified actinomycetes” 表示。
5.1.2 中文名称(M)
应指明该菌株的中文名称（如有别名，应在括号中注明）。尚无中文译名时，填写“暂无”。
5.1.3 资源归类编码（M）
应指明该菌株的资源归类编码，参见《自然科技资源共性描述规范（试行）》。
5.1.4 菌株保藏编号(M)
应指明该菌株在专业保藏机构的保藏编号，保藏编号由前缀和菌株编号两部分组成，前缀为保藏机构英文名称的缩写，前缀和菌株编号之间应留空格。
5.1.5 其他保藏机构编号(O)
宜指明该菌株在其它菌种保藏机构的菌株保藏编号，每个其它保藏机构的编号均由“＝”开头，如编号不止一个时，中间也用“＝”连接。
5.1.6 来源历史(M)
应指明得到该菌株的途径。如菌株转移经过多个保藏机构，则保藏机构之间用一个左指向的箭头“←”连接。
5.1.7 分离人（M）
应指明该菌株的最初分离人的姓名。
5.1.8 分离时间（M）
应指明该菌株的分离时间。
5.1.9原始编号(M)
应指明该菌株的最初分离编号。
5.1.10 鉴定人（O）
宜指明该菌株的鉴定人。
5.1.11 鉴定人所在单位（O）
宜指明该菌株的鉴定人所在的单位。
5.1.12 收藏时间(O)
宜指明保藏机构收集、保存该菌株的时间。
5.1.13 原产国或地区（M）
应指明该菌株分离基物采集地所在国家或地区名称。
5.1.14 采集地区（O）
宜指明该菌株分离基物采集地的行政区划，详细到县。
5.1.15 分离基物(O)
宜指明具体的分离基物名称。
5.1.16 采集地生境（O）
宜描述该菌株分离基物采集具体地点的生态环境，参照《微生物菌种资源采集环境描述规范（试行）》。
5.1.17 生物危害程度(M)
应指明该菌株的生物危害程度归类，参照《病原微生物实验室生物安全管理条例》。
5.1.18 培养基 (M)
应参照《中国菌种目录》指明该菌株的培养基编号，如《中国菌种目录》中没有收录该培养基，应给出配方及制作方法。
5.1.19 模式菌株（M）
凡模式菌株应注明。
5.1.20 分类地位（M）
应指明该菌株所属的界、门、纲、目、科、属
如需要，可指明该菌株的变种、亚种、专化型、融合种名称及生理小种类型等。
5.2 特征特性信息
5.2.1 形态特征（M）
5.2.1.1菌落形态
应指明菌落大小、颜色、形状、表面状况以及其它显著特征，并指明描述菌落形态所用培养基的名称或配方、培养条件。
5.2.1.2 基内菌丝
—— 应指明基内菌丝的完善程度、颜色、有无横隔、是否断裂、直径大小、分泌色素情况（水溶或脂溶、颜色）
5.2.1.3 气生菌丝
—— 应指明有无气生菌丝、直径大小、颜色等。
5.2.1.4产孢特征
—— 应指明孢子着生的方式（气丝上、基丝上、二者兼有、孢囊内、孢子排列方式）；
5.2.1.4.1 孢子丝
—— 对有孢子丝的菌株应描述孢子丝的形态，颜色，孢子链长短、孢子个数，
5.2.1.4.2 孢子
—— 应描述孢子形状（圆形、椭圆形、杆状、柱状等）, 孢子表面特征(光滑、瘤状、鳞片状、刺状、毛发状，鞭毛)。
5.2.1.4.3 孢囊
—— 对有孢囊的菌株应描述孢囊着生位置（气丝或基丝），孢囊的形状，大小，孢囊孢子
—— 数等。
5.2.1.5 其他特征：
有无菌核等
5.2.2 培养特征（M）
—— 应描述在该菌株在各种培养基上的气丝、基丝的生长情况，颜色，可溶性色素，并指明培养特征描述所用培养基（如商品培养基，应指明厂家）
5.2.3 生理生化特性(O)
—— 宜描述该菌株对氮源的利用能力，并指明所用的培养基及方法；
—— 宜描述该菌株对碳源的利用能力，并指明所用的培养基及方法；
—— 宜描述该菌株对生长因子的需要，并指明所用的培养基及方法；
—— 宜描述该菌株对温度的适应性：生长温度范围，最适生长温度及致死温度；
—— 宜描述该菌株对pH的适应性：最适生长pH条件及生长的pH范围；
—— 宜描述该菌株对渗透压的适应性：对盐浓度的耐受性或嗜盐性；
—— 宜描述该菌株对已知抗生素及抑菌剂的敏感性；
—— 宜描述该菌株产生的特征性代谢产物；
—— 宜描述该菌株与宿主的关系：共生、寄生、致病性。
5.2.4 细胞化学组分
5.2.4.1 细胞（壁）化学组分分析（M）
应指明胞壁DAP型，并描述所用的方法；
应描述胞壁特征性糖（糖型）（阿拉伯糖，半乳糖，马杜拉糖，木糖，鼠李糖）并描述所用的方法。
5.2.4.2 枝菌酸分析（O）
如含枝菌酸，宜指明枝菌酸的碳链长度，并描述枝菌酸分析所用的方法。
5.2.4.3 磷酸类脂分析（O）
宜描述有分类意义的磷酸类脂：磷脂酰乙醇胺（PE）、磷脂酰胆碱（PC）、磷脂酰甲基乙醇胺（PME）、磷脂酰甘油（PG）和含葡萄糖胺的未知结构磷酸类脂（NPG），并描述磷酸类脂分析所用的方法。
5.2.4.4 脂肪酸组分分析（O）
宜描述特征性脂肪酸（FA）组分：饱和FA；不饱和FA；iso-14/16/18FA；iso-15/17FA；anteiso-15/17FA； 10-methyl-17/18FA；环丙烷-FA 的有无和含量，并描述脂肪酸组分分析所用的方法。
5.2.4.5 醌组分分析（O）
宜描述主要的甲基萘醌，以MKn（H2m）表示, 并描述醌组分分析所用的方法。
5.2.4.6 胞壁乙酰基分析（O）
宜指明放线菌胞壁肽聚糖是乙酰基型还是乙醇酰基型，并描述测定所用的方法。
5.2.5 基因型信息（M）
5.2.5.1 DNA碱基组成（G+C mol%）分析(M)
应表明该菌株DNA的G+C摩尔百分数
5.2.5.2 16S rRNA核苷酸序列信息(M)
应指明该菌株的16S rRNA的测序结果（提供GenBank序列注册号），并描述所用的方法。
5.2.6.质粒/基因元件（O）
宜表明该菌株所携带的特定用途的质粒、基因片段的名称与用途
5.2.7 寄主拉丁名称（O）
宜描述该菌株寄生宿主的拉丁名称
5.2.8 寄主中文名称（O）
宜描述该菌株寄生宿主的中文名称
5.2.9 菌株的主要代谢产物（M）
应指明该菌株的重要的初级代谢产物或次级代谢产物的名称及主要功能特性。
5.2.10 菌株的用途（M）
应描述该菌株的主要用。
5.3 其它信息
5.3.1 图像信息（O）
宜给出该菌株的菌落、菌丝、孢子、产孢器官、组织等图象信息。
5.3.2文献信息（O）
应列出该菌株学名的原始描述文献出处及活性物质的原始发表。
5.3.3 保存方法（M）
应指明适合该菌株长期保存的技术方法。
附录
国家自然科技资源平台放线菌菌种资源描述表
描述日期： 年 月 日
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基本信息 |
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学名 |
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中文名称 |
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资源归类编码 |
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菌株保藏编号 |
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其它保藏机构编号 |
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来源历史 |
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分离人 |
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分离时间 |
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原始编号 |
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鉴定人 |
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鉴定人所在单位 |
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收藏时间 |
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原产国或地区 |
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采集地区 |
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分离基物 |
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采集地生境 |
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生物危害等级 |
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培养基 |
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模式菌株 |
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分类地位 |
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特征特性信息 |
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表 型 信 息
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个 体 形 态 特 征 |
菌落形态 |
基内菌丝 |
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大小 |
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有无横隔、是否断裂 |
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表面状况 |
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—— 直径大小 |
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颜色 |
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—— 有无孢囊 |
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气生菌丝 |
—— 孢囊形状 |
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有无气生菌丝 |
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—— 基丝的颜色 |
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—— 直径大小 |
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—— 分泌色素（水溶或脂溶、颜色） |
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—— 颜色 |
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孢子着生的方式 |
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孢子 |
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孢子丝 |
—— 孢子形状 |
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形态 |
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—— 孢子表面特征 |
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—— 孢子链长短（孢子个数） |
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孢囊 |
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—— 颜色 |
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孢囊着生位置 |
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其他特征 |
孢囊大小，孢囊孢子数 |
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—— 有无菌核等 |
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形态描述所用培养基 |
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培 养 特 征
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在培养基1上生长状况与颜色 |
在培养基2上生长状况与颜色 |
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气丝 |
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气丝 |
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基丝 |
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基丝 |
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可溶性色素 |
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可溶性色素 |
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其他培养特征 |
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其他培养特征 |
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续表：
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在培养基3上生长状况与颜色 |
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气丝 |
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基丝 |
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可溶性色素 |
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其他培养特征 |
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生 理 生 化 特 性 |
特殊生长因子 |
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最适生长温度及致死温度 |
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最适生长pH条件及生长的pH范围 |
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对盐浓度的耐受性或嗜盐性 |
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对已知抗生素及抑菌剂的敏感性 |
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特征性代谢产物 |
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与宿主的关系（共生、寄生、致病性） |
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其他生理生化特征 |
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细 胞 化 学 组 分 |
细胞壁型 |
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细胞壁DAP型或其它氨基酸 |
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细胞壁特征性糖（糖型） |
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枝菌酸 |
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磷酸类脂 |
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醌型 |
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特征性脂肪酸 |
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胞壁乙酰基 |
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基 信 因 息 |
DNA 碱基（G+C）mol% |
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16S rRNA序列（GenBank注册号） |
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其它信息 |
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图象信息 |
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保存方法 |
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文献信息 |
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参考文献
[1]刘志恒，放线菌现代生物学与生物技术, 北京:科学出版社；2004
[2]阮继生，放线菌研究及应用，北京:科学出版社；1990
[3]刘志恒，现代微生物学,北京:科学出版社；2002
