好氧芽孢细菌菌种资源描述规范
起草单位：中国科学院微生物研究所
目 次
前言................................................................................... 3
引言................................................................................... 4
好氧芽孢细菌菌种资源描述规范细则....................................................... 5
1 范围................................................................................. 5
2 术语和定义........................................................................... 5
3 好氧芽孢细菌菌种资源基本信息......................................................... 5
4 好氧芽孢细菌菌种特征特性描述信息..................................................... 6
参考文献............................................................................... 7
附表1国家自然科技资源平台好氧芽孢细菌菌种资源描述表................................... 7
前 言
本规范起草单位：中国科学院微生物研究所、中国农业科学院农业资源与农业区划研究所、中国林业科学研究院森林保护研究所、中国药品生物制品检定所、中国医学科学院医药生物技术研究所、中国兽医药品监察所、中国食品发酵工业研究院。
本规范主要起草人：周宇光、辛玉华、张向民、姜瑞波、顾金刚、朴春根、叶强、张月琴、陈敏、程池等。
引 言
本规范规定了对不同类群好氧、兼性厌氧芽孢细菌菌种资源进行描述所应包括的基本内容和要求。不包括专性厌氧生长的芽孢细菌以及化能自养生长的芽孢细菌。
好氧芽孢细菌菌种资源描述规范细则
1 范围
本规范规定了部分芽孢细菌菌种资源描述的内容。
本规范适用于好氧、兼性厌氧芽孢细菌菌种资源的描述，不包括专性厌氧生长的芽孢细菌以及化能自养生长的芽孢细菌。
2 术语和定义
下列术语和定义适用于本规范。
2.1 好氧芽孢细菌 Aerobic endospore-forming bacteria
一类好氧或兼性厌氧的能产生芽孢的细菌，多为革兰氏阳性细菌。化能异养，通过好氧呼吸作用或/和发酵作用对有机质进行分解。在一定条件下，菌体内的结构发生变化，形成芽孢。芽孢对热、干燥和化学物质等环境因素有较强的抵抗力。包括芽孢杆菌属（Bacillus）、类芽孢杆菌属（Paenibacillus）、短芽孢杆菌属（Brevibacillus）、双芽孢杆菌属（Amphibacillus）、嗜盐芽孢杆菌属（Halobacillus）、硫胺素芽孢杆菌属（Aneurinibacillus）、脂环酸芽孢杆菌属（Alicyclobacillus）、地芽孢杆菌属（Geobacillus）、纤细芽孢杆菌属（Gracilibacillus）、海洋芽孢杆菌属 ( Marinibacillus)、盐芽孢杆菌属（Salibacillus）、枝芽孢杆菌属（Virgibacillus）、脲芽胞杆菌属（Ureibacillus）、芽孢乳杆菌属（Sporolactobacillus）、芽孢八叠球菌属 (Sporosarcina) 等十几个属。
3 好氧芽孢细菌菌种资源基本信息
3.1 要求
应根据平台标准《微生物菌种资源共性描述规范》要求，对好氧芽孢细菌的共性进行描述，具体描述内容逐项记入附录表A中。描述要素分为两类：M 为必需描述的要素；O 为可选要素，其描述与否视具体菌株而定。
3.2 拉丁学名（M）
应指明该菌株的学名。种的名称应包括属名、种加词及定名人和定名时间；种级以下分类群的名称应包括属名、种加词和种下等级的加词及该分类群的定名人和定名时间，种加词和种下等级的加词之间用指示其等级的术语（如subsp., var., forma 等）相连。未鉴定到种的菌株，以“属名 sp.” 表示。
3.3 中文名称（M）
应指明该菌株的中文名称。尚无中文译名时，可暂时空缺。
3.4 资源归类编码（M）
指该菌株在国家自然科技资源平台资源分级归类与编码标准中的编码。具体编码见微生物菌种资源分类编码体系。
3.5 菌株保藏编号（M）
微生物菌种资源在保存机构的保藏编号，由前缀和菌株编号两部分组成。前缀，即保藏机构名称的缩写，遵照《中国菌种目录》第一和第二版的有关规定。前缀和菌株编号之间应留空格。
3.6 其他保藏单位编号（O）
该菌株在其他菌种保藏机构中的菌株保藏编号。每个其他编号均由等号开头，如编号不止一个时，中间也用等号连接。
3.7 来源历史（O）
得到该菌株的途径。如菌株转移经过多个保藏机构，则保藏机构之间用一个左指向的箭头连接。
3.8 分离人（O）
该菌株原始分离人的姓名。
3.9 分离时间（O）
该菌株的最初分离时间。
3.10 原始编号（O）
该菌株的最初分离编号。
3.11 鉴定人（M）
应指明该菌株鉴定人的姓名。
3.12 原产国或地区
菌种的分离基物采集地所在国家、地区的名称，ISO 国家代码。
3.13 收藏时间（M）
应指明保藏机构收集、保存该菌株的时间。
3.14 分离基物（源）（O）
该菌株的分离基物（源），宜指明具体分离自何种物质。
3.15 采集地区（O）
分离基物采集地的行政区划，详细到县。
3.16 生物安全等级（M）
应指明该菌株的生物安全等级归类，具体参照《病原微生物实验室生物安全管理条例》。
3.17 培养基（M）
应参照《中国菌种目录》指明该菌株的培养基编号，如《中国菌种目录》没有收录，应给出该培养基的具体配方及制做方法。
3.18 模式菌株（M）
应指明该菌株是否是模式菌株。
3.19 培养温度（M）
应指明该菌株的最适培养温度。
4 好氧芽孢细菌菌种特征特性描述信息
4.1 要求
要求将本章所列条文的内容逐项记入附录表A中,不同特征的具体描述内容详见表A。可根据不同菌种的特性增加描述内容。不同的描述特征可用相应的符号表示，表中出现的所有符号均应加以注解说明。描述要素分为两类：M 为必需描述的要素；O 为可选要素，其描述与否视具体菌株而定。
4.2 表型信息
4.2.1 个体形态特征（M）
对芽孢细菌的细胞形状、大小、革兰氏染色反应、形成芽孢的条件、芽孢的形状、位置、有无伴孢晶体等进行描述。
4.2.2 生理特征（M）
应对芽孢细菌的运动性和生长条件，包括：生长温度、生长pH、需氧性以及盐的耐受生长等进行试验，记录试验结果，作为特征描述的部分内容。
4.2.3 生化特征（M）
应对芽孢细菌做下列生化试验，并记录试验结果，作为其特征描述的部分内容。
—— 过氧化氢酶（接触酶）测定
—— 氧化酶反应
—— 脲酶试验
—— 精氨酸双水解酶试验
—— 碳水化合物产酸试验（碳水化合物种类参见附录A）
—— 从葡萄糖产气试验
—— 水解试验（具体试验内容参见附录A）
—— 卵磷脂酶反应（）
—— VP试验
—— 硝酸盐还原试验
4.2.4 化学特征的测定分析（O）
主要包括芽孢细菌含有的甲基萘醌和细胞壁二氨基酸的分析。
4.3 基因型信息 （M）
4.3.1 DNA 碱基组成（G+C mol%）
4.3.2 DNA杂交
4.3.3 16S rRNA基因序列分析
如果已将16S rRNA基因序列分析结果在GenBank 中注册，在提供日之前进行释放，提供该序列的注册号。
4.4 其他特征信息（O）
4.4.1 致病性
好氧芽孢细菌中有的能引起人类疾病，描述时应注明该菌是否是人的条件致病菌或致病菌，若是，则应进一步指明它所引起的疾病名称。
4.4.2 血清学反应
根据细菌抗原抗体反应确定菌种或菌型。描述时应注明具体采用的方法、特异性抗体及反应结果。
4.4.3 其它补充试验
附录表A中，包括了主要的描述内容，但并不是全部内容。针对不同描述对象，可选择附录表A中的部分内容，进行菌种资源的描述。必要时，可补充附录表A中未包括的特定描述内容。
参考文献
[1] 东秀珠, 蔡妙英. 2001. 常见细菌鉴定手册. 北京: 科学出版社. 1-419
[2] Peter H. A. Sneath et al. 1986. Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology. Volume 2.Williams & Wilkins. Baltimore. Pp 965-1599.
[3] John G. Holt et al. 1994. Bergy’s Manual of Determinative Bacteriology. 9th edition. Williams & Wilkins. Baltimore. Pp 1-787.
[4] O. N. Reva et al. Simplified technique for identification of the aerobic spore-forming bacteria by phenotype. Int. J. Syst. Evol. Microbiol.51, 1361-1371, 2001.
附表1国家自然科技资源平台好氧芽孢细菌菌种资源描述表
描述日期： 年 月 日
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基本信息 |
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拉丁学名 |
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中文名称 |
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资源归类编码 |
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菌株保藏编号 |
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其它保藏机构编号 |
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来源历史 |
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分离人 |
|
分离时间 |
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原始编号 |
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鉴定人 |
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原产国 |
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收藏时间 |
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分离基物（源） |
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采集地区 |
|
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生物安全等级 |
|
培养基 |
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|
是否模式菌株 |
|
培养温度 |
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特征特性信息 |
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表 型 信 息
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个 体 形 态 特 征
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革兰氏阳性 |
|
革兰氏阴性 |
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生理 特 征
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需 氧 性 |
兼性厌氧生长 |
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细胞形状 |
杆状 |
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微好氧生长 |
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|
球状 |
|
严格好氧 |
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|
细胞直径大于1微米 |
|
温度 生长 试验 (℃) |
5 |
|
10 |
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|
形成伴孢晶体 |
|
20 |
|
30 |
|
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|
形成内生芽孢的条件、芽孢形状、位置 |
形成条件、位置 |
|
40 |
|
50 |
|
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|
圆形或其它形状 |
|
55 |
|
65 |
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|
孢囊膨大 |
|
NaCl生长 试验 |
2% |
|
5% |
|
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|
是否形成液泡 |
|
7% |
|
10% |
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生 化 特 性 |
接触酶 |
|
氧化酶 |
|
15% |
|
20% |
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|
卵磷脂酶 |
|
精氨酸双水解酶 |
|
pH 生长 试验 |
3.0 |
|
5.5 |
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|
脲酶 |
|
|
|
5.7 |
|
6.8 |
|
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|
VP反应 |
|
硝酸盐还原 |
|
9.0 |
|
10.0 |
|
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|
VP终pH＞7 |
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反硝化（产气） |
|
生长需要Na/Mg离子 |
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VP终pH＜6 |
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产生H2S |
|
0.001%溶菌酶生长 |
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产生吲哚 |
ONPG |
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化学特征 |
主要脂肪酸 |
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碳水化合物产酸 |
葡萄糖产气 |
细胞壁二氨基酸 |
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葡萄糖 |
|
棉籽糖 |
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MK-6 |
|
MK-7 |
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|
阿拉伯糖 |
|
蔗糖 |
|
MK-8 |
|
MK-9 |
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|
甘露醇 |
|
海藻糖 |
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基因型信息 |
G+C mol% |
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木糖 |
|
半乳糖 |
|
BREV 174F探针杂交 |
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|
甘油 |
|
果糖 |
|
ANEU 506F探针杂交 |
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|
麦芽糖 |
|
乳糖 |
|
PAEN 515F探针杂交 |
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|
果糖 |
|
七叶灵 |
|
16S rRNA基因序列 |
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|
水解酪朊 |
|
水解明胶 |
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其他特征信息 |
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水解淀粉 |
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水解吐温80 |
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血清学反应 |
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分解木质素 |
|
分解酪氨酸 |
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是否致病菌或条件致病菌，引起何种疾病 |
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分解硫胺素 |
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利用柠檬酸盐 |
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利用丙酸盐 |
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利用乙酸盐 |
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