好氧芽孢细菌菌种资源数据标准(草稿)
起草单位:中国科学院微生物研究所
前 言
本规范由科学技术部农村与社会发展司提出。
本规范起草单位:中国科学院微生物研究所、中国农业科学院农业资源与农业区划研究所、中国林业科学研究院森林保护研究所、中国药品生物制品检定所、中国医学科学院医药生物技术研究所、中国兽医药品监察所、中国食品发酵工业研究院。
本规范主要起草人:周宇光、张向民、姜瑞波、顾金刚、朴春根、叶强、张月琴、陈敏、程池等。
引 言
本规范规定了构建不同类群好氧、兼性厌氧芽孢细菌菌种资源信息数据库所应包括的基本内容和要求。不适用于专性厌氧生长的芽孢细菌以及化能自养生长的芽孢细菌菌种资源信息库的构建。
好氧芽孢细菌菌种资源数据标准 |
|
||||||||||
序号 |
代号 |
描述符 |
字段名 |
字段英文名 |
字段类型 |
字段长度 |
单位 |
代码 |
代码英文名 |
例子 |
|
1 |
101 |
拉丁学名 |
学名 |
Scientific name |
C |
100 |
|
|
|
Bacillus subtilis subsp. subtilis |
|
2 |
102 |
中文名称 |
中文名 |
Scientific name in chinese |
C |
50 |
|
|
|
枯草芽孢杆菌枯草亚种 |
|
3 |
103 |
资源归类编码 |
统一编号 |
Genus code |
C |
11 |
|
|
|
15131311101 |
|
4 |
104 |
菌株保藏编号 |
保藏编号 |
Catalogue number/Accession number |
C |
15 |
|
|
|
CGMCC 1.1849 |
|
5 |
105 |
其它保藏机构编号 |
保藏编号 |
Accession number at other collections |
mem |
|
|
|
|
=ATCC 6633=DSM 347=IFO 3134=CCRC 10447 |
|
6 |
106 |
来源历史 |
来源历史 |
Sample source |
C |
100 |
|
|
|
中国药品生物制品检定所 |
|
7 |
107 |
分离人 |
分离人 |
Name of collector (isolater) |
C |
20 |
|
|
|
|
|
8 |
108 |
分离时间 |
分离时间 |
Date of isolation |
D |
8 |
|
|
|
|
|
9 |
109 |
原始编号 |
原始编号 |
Collection number |
C |
20 |
|
|
|
CMCC(B)63501 |
|
10 |
110 |
鉴定人 |
鉴定人 |
Identifier |
C |
50 |
|
|
|
|
|
11 |
111 |
原产国 |
原产国 |
Country of origin |
C |
30 |
|
|
|
|
|
12 |
112 |
收藏时间 |
收藏时间 |
Date of collection |
D |
8 |
|
|
|
|
|
13 |
113 |
分离基物(源) |
分离基物(源) |
Substrate |
C |
20 |
|
|
|
|
|
14 |
114 |
采集地区 |
采集地区 |
Locality |
C |
30 |
|
|
|
|
|
15 |
115 |
生物危害程度 |
生物危害等级 |
Biosafty level |
C |
4 |
|
|
|
四类 |
|
16 |
116 |
培养基 |
培养基 |
Culture medium |
N |
4 |
|
|
|
0002 |
|
17 |
117 |
是否模式菌株 |
模式菌株 |
Type strain |
C |
1 |
|
|
|
|
|
18 |
118 |
培养温度 |
培养温度 |
Temperature of incubation |
C |
6 |
℃ |
|
|
30 |
|
19 |
201 |
革兰氏染色反应 |
革兰氏阳性 |
Gram stain positive |
C |
1 |
|
|
|
+ |
|
20 |
202 |
细胞形状 |
杆状 |
Bacillary |
C |
1 |
|
|
|
+ |
|
序号 |
代号 |
描述符 |
字段名 |
字段英文名 |
字段类型 |
字段长度 |
单位 |
代码 |
代码英文名 |
例子 |
|
21 |
203 |
细胞形状 |
球状 |
Globose |
C |
1 |
|
|
|
- |
|
22 |
204 |
细胞直径是否大于1微米 |
细胞直径大于1微米 |
Cell diameter |
C |
1 |
|
|
|
- |
|
23 |
205 |
形成内生芽孢 |
形成芽孢 |
Endospores produced |
C |
1 |
|
|
|
+ |
|
24 |
206 |
有无伴孢晶体 |
有伴孢晶体 |
Parasporal crystals |
C |
1 |
|
|
|
- |
|
25 |
207 |
内生芽孢的形状 |
内生芽孢圆形 |
Spore globose |
C |
1 |
|
|
|
- |
|
26 |
208 |
孢囊是否膨大 |
孢囊膨大 |
Sporangium swollen |
C |
1 |
|
|
|
- |
|
27 |
209 |
是否形成液泡 |
形成液泡 |
Vacuole |
C |
1 |
|
|
|
- |
|
28 |
301 |
需氧性 |
兼性厌氧生长 |
Facultative aerobe |
C |
1 |
|
|
|
- |
|
29 |
302 |
需氧性 |
微好氧生长 |
Microaerophilic |
C |
1 |
|
|
|
- |
|
30 |
303 |
需氧性 |
严格好氧 |
Strict aerobe |
C |
1 |
|
|
|
+ |
|
31 |
304 |
生长温度5℃ |
生长温度5℃ |
Growth at 5℃ |
C |
1 |
|
|
|
|
|
32 |
305 |
生长温度10℃ |
生长温度10℃ |
Growth at 10℃ |
C |
1 |
|
|
|
|
|
33 |
306 |
生长温度20℃ |
生长温度20℃ |
Growth at 20℃ |
C |
1 |
|
|
|
|
|
34 |
307 |
生长温度30℃ |
生长温度30℃ |
Growth at 30℃ |
C |
1 |
|
|
|
|
|
35 |
308 |
生长温度40℃ |
生长温度40℃ |
Growth at 40℃ |
C |
1 |
|
|
|
|
|
36 |
309 |
生长温度50℃ |
生长温度50℃ |
Growth at 50℃ |
C |
1 |
|
|
|
+ |
|
37 |
310 |
生长温度55℃ |
生长温度55℃ |
Growth at 55℃ |
C |
1 |
|
|
|
|
|
38 |
311 |
生长温度65℃ |
生长温度65℃ |
Growth at 65℃ |
C |
1 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
序号 |
代号 |
描述符 |
字段名 |
字段英文名 |
字段类型 |
字段长度 |
单位 |
代码 |
代码英文名 |
例子 |
|
39 |
312 |
生长NaCl浓度2% |
生长NaCl浓度2% |
Growth in NaCl 2% |
C |
1 |
|
|
|
|
|
40 |
313 |
生长NaCl浓度5% |
生长NaCl浓度5% |
Growth in NaCl 5% |
C |
1 |
|
|
|
|
|
41 |
314 |
生长NaCl浓度7% |
生长NaCl浓度7% |
Growth in NaCl 7% |
C |
1 |
|
|
|
+ |
|
42 |
315 |
生长NaCl浓度10% |
生长NaCl浓度10% |
Growth in NaCl 10% |
C |
1 |
|
|
|
|
|
43 |
316 |
生长NaCl浓度15% |
生长NaCl浓度15% |
Growth in NaCl 15% |
C |
1 |
|
|
|
|
|
44 |
317 |
生长NaCl浓度20% |
生长NaCl浓度20% |
Growth in NaCl 20% |
C |
1 |
|
|
|
|
|
45 |
318 |
生长pH3.0 |
生长pH3.0 |
Growth at pH3.0 |
C |
1 |
|
|
|
|
|
46 |
319 |
生长pH5.5 |
生长pH5.5 |
Growth at pH5.5 |
C |
1 |
|
|
|
|
|
47 |
320 |
生长pH5.7 |
生长pH5.7 |
Growth at pH5.7 |
C |
1 |
|
|
|
+ |
|
48 |
321 |
生长pH6.8 |
生长pH6.8 |
Growth at pH6.8 |
C |
1 |
|
|
|
|
|
49 |
322 |
生长pH9.0 |
生长pH9.0 |
Growth at pH9.0 |
C |
1 |
|
|
|
|
|
50 |
323 |
生长pH10.0 |
生长pH10.0 |
Growth at pH10.0 |
C |
1 |
|
|
|
|
|
51 |
324 |
生长需要Na/Mg离子 |
生长需要Na/Mg离子 |
Na+/Mg2+ is required for growth |
C |
1 |
|
|
|
- |
|
52 |
325 |
0.001%溶菌酶生长 |
0.001%溶菌酶生长 |
Growth with 0.001% lysozyme |
C |
1 |
|
|
|
|
|
53 |
401 |
接触酶 |
接触酶 |
Catalase |
C |
1 |
|
|
|
+ |
|
序号 |
代号 |
描述符 |
字段名 |
字段英文名 |
字段类型 |
字段长度 |
单位 |
代码 |
代码英文名 |
例子 |
|
54 |
402 |
氧化酶 |
氧化酶 |
Oxidase |
C |
1 |
|
|
|
+ |
|
55 |
403 |
卵磷脂酶 |
卵磷脂酶 |
Egg-yolk lecithinase |
C |
1 |
|
|
|
|
|
56 |
404 |
精氨酸双水解酶的测定 |
精氨酸双水解酶 |
Arginine dihydrolase |
C |
1 |
|
|
|
|
|
57 |
405 |
脲酶 |
脲酶 |
Urease |
C |
1 |
|
|
|
|
|
58 |
406 |
VP反应 |
VP反应 |
VP test |
C |
1 |
|
|
|
+ |
|
59 |
407 |
硝酸盐还原 |
硝酸盐还原 |
Nitrate reduced to nitrite |
C |
1 |
|
|
|
|
|
60 |
408 |
VP终pH>7 |
VP终pH>7 |
pH in VP broth >7 |
C |
1 |
|
|
|
- |
|
61 |
409 |
VP终pH<6 |
VP终pH<6 |
pH in VP broth <6 |
C |
1 |
|
|
|
+ |
|
62 |
410 |
反硝化(产气) |
反硝化(产气) |
Denitrification |
C |
1 |
|
|
|
|
|
63 |
411 |
产生H2S |
产生H2S 试验 |
Production of H2S |
C |
1 |
|
|
|
|
|
64 |
412 |
产生吲哚 |
产生吲哚 |
Production of indole |
C |
1 |
|
|
|
|
|
65 |
413 |
ONPG |
ONPG |
ONPG |
C |
1 |
|
|
|
|
|
66 |
414 |
葡萄糖产气 |
葡萄糖产气 |
Gas from glucose |
C |
1 |
|
|
|
- |
|
67 |
415 |
葡萄糖产酸 |
葡萄糖产酸 |
Acid from glucose |
C |
1 |
|
|
|
+ |
|
68 |
416 |
阿拉伯糖产酸 |
阿拉伯糖产酸 |
Acid from Arbinose |
C |
1 |
|
|
|
+ |
|
69 |
417 |
棉籽糖产酸 |
棉籽糖产酸 |
Acid from raffinase |
C |
1 |
|
|
|
|
|
70 |
418 |
蔗糖产酸 |
蔗糖产酸 |
Acid from sucrose |
C |
1 |
|
|
|
|
|
71 |
419 |
甘露醇产酸 |
甘露醇产酸 |
Acid from mannitol |
C |
1 |
|
|
|
+ |
|
72 |
420 |
海藻糖产酸 |
海藻糖产酸 |
Acid from trehalose |
C |
1 |
|
|
|
|
|
73 |
421 |
木糖产酸 |
木糖产酸 |
Acid from xylose |
C |
1 |
|
|
|
+ |
|
74 |
422 |
半乳糖产酸 |
半乳糖产酸 |
Acid from galactose |
C |
1 |
|
|
|
|
|
75 |
423 |
甘油产酸 |
甘油产酸 |
Acid from glycerol |
C |
1 |
|
|
|
|
|
序号 |
代号 |
描述符 |
字段名 |
字段英文名 |
字段类型 |
字段长度 |
单位 |
代码 |
代码英文名 |
例子 |
|
76 |
424 |
果糖产酸 |
果糖产酸 |
Acid from fructose |
C |
1 |
|
|
|
|
|
77 |
425 |
麦芽糖产酸 |
麦芽糖产酸 |
Acid from maltase |
C |
1 |
|
|
|
|
|
78 |
426 |
乳糖产酸 |
乳糖产酸 |
Acid from lactose |
C |
1 |
|
|
|
|
|
79 |
427 |
七叶灵水解 |
七叶灵 |
Hydrolysis of esculin |
C |
1 |
|
|
|
|
|
80 |
428 |
水解酪朊 |
水解酪朊 |
Hydrolysis of casein |
C |
1 |
|
|
|
+ |
|
81 |
429 |
水解明胶 |
水解明胶 |
Hydrolysis of gelatin |
C |
1 |
|
|
|
+ |
|
82 |
430 |
水解淀粉 |
水解淀粉 |
Hydrolysis of starch |
C |
1 |
|
|
|
+ |
|
83 |
431 |
水解吐温80 |
水解吐温80 |
Hydrolysis of tween 80 |
C |
1 |
|
|
|
|
|
84 |
432 |
分解木质素 |
分解木质素 |
Decomposition of lignin |
C |
1 |
|
|
|
|
|
85 |
433 |
分解酪氨酸 |
分解酪氨酸 |
Decomposition of tyrosine |
C |
1 |
|
|
|
|
|
86 |
434 |
分解硫胺素 |
分解硫胺素 |
Decomposition of thiamine |
C |
1 |
|
|
|
|
|
87 |
435 |
利用柠檬酸盐 |
利用柠檬酸盐 |
Utilization of citrate |
C |
1 |
|
|
|
+ |
|
88 |
436 |
利用丙酸盐 |
利用丙酸盐 |
Utilization of propionate |
C |
1 |
|
|
|
|
|
89 |
437 |
利用乙酸盐 |
利用乙酸盐 |
Utilization of acetate |
C |
1 |
|
|
|
|
|
90 |
501 |
主要脂肪酸 |
主要脂肪酸 |
Main fatty acids |
C |
20 |
|
|
|
anteiso-C14, iso-C15 |
|
91 |
502 |
细胞壁二氨基酸 |
细胞壁二氨基酸 |
Major peptidoglycan diamino acid |
C |
20 |
|
|
|
|
|
92 |
503 |
MK-6 |
MK-6 |
MK-6 |
C |
1 |
|
|
|
- |
|
93 |
504 |
MK-7 |
MK-7 |
MK-7 |
C |
1 |
|
|
|
+ |
|
94 |
505 |
MK-8 |
MK-8 |
MK-8 |
C |
1 |
|
|
|
- |
|
95 |
506 |
MK-9 |
MK-9 |
MK-9 |
C |
1 |
|
|
|
- |
|
96 |
601 |
G+C mol% |
G+C mol% |
G+C mol% |
C |
5 |
|
|
|
42.9 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
序号 |
代号 |
描述符 |
字段名 |
字段英文名 |
字段类型 |
字段长度 |
单位 |
代码 |
代码英文名 |
例子 |
|
97 |
602 |
BREV 174F探针杂交 |
BREV 174F探针杂交 |
BREV 174F probe hybridization |
C |
1 |
|
|
|
|
|
98 |
603 |
ANEU 506F探针杂交 |
ANEU 506F探针杂交 |
ANEU 506F probe hybridization |
C |
1 |
|
|
|
|
|
99 |
604 |
PAEN 515F探针杂交 |
PAEN 515F探针杂交 |
PAEN 515F probe hybridization |
C |
1 |
|
|
|
|
|
100 |
605 |
16S rRNA基因序列 |
16S rRNA基因序列 |
16S rRNA gene sequence |
mem |
|
|
|
|
|
|
101 |
701 |
血清学反应 |
血清学反应 |
Seroreaction |
C |
5 |
|
|
|
|
|
102 |
702 |
是否致病菌或条件致病菌,引起何种疾病 |
是否致病菌或条件致病菌,引起何种疾病 |
Pathogenicity |
mem |
|
|
|
|
|
|