微生物菌种资源共性描述规范
《微生物菌种资源描述标准和规范的研究制定
及共享试点》项目组
2005年12月
目 次
一、引言.................................................................................................... 3
二、共性描述规范制定原则和方法........................................................................ 3
三、共性描述规范............................................................................................. 4
（一）共性描述表................................................................................................ 4
（二）共性描述规范简表..................................................................................... 5
（三）共性描述规范.......................................................................................... 7
微生物菌种资源共性描述规范................................................................................. 7
1 范围.............................................................................................................. 7
2 规范性引用文件................................................................................................ 7
3 护照信息............................................................................................................ 7
4 标记信息....................................................................................................... 8
5 基本特征特性描述信息......................................................................................... 9
6 其它描述信息..................................................................................................... 10
7 保藏单位信息.................................................................................................. 10
8 共享信息....................................................................................................... 11
附件1 共性描述示例.............................................................................................. 13
附件2 平台资源编号规则........................................................................................ 15
附件3 微生物菌种资源共性描述规范制定参加人员............................................................. 16
一、引言
根据国家自然科技资源平台建设的总体目标，研究制定国家自然科技资源平台微生物菌种资源共性描述规范，以整合全国微生物菌种资源，规范微生物菌种资源的收集、保藏、鉴定、评价、研究和利用，实现微生物菌种资源的充分共享和可持续利用。
二、共性描述规范制定原则和方法
（一）原则
（二）内容和方法
1. 描述符类别分为6类
1) 护照信息
2) 标记信息
3) 基本特征特性描述信息
4) 其它描述信息
5) 收藏单位信息
6) 共享信息
2. 描述符编码
由描述符类别加两位顺序号组成，如“101”、“202”、“301”等。
3. 描述符的代码应是有序的。
三、共性描述规范
（一）共性描述表
表1、微生物菌种资源共性描述表
|
护照信息 |
|||||
|
平台资源号* (1) |
|
菌株保藏编号* (2) |
|
||
|
中文名称(3) |
|
属名* (4) |
|
||
|
种名加词(5) |
|
其它保藏中心编号(6) |
|
||
|
来源历史(7) |
|
收藏时间(8) |
|
||
|
原始编号(9) |
|
原产国(10) |
|
||
|
标记信息 |
|||||
|
资源归类编码* (11) |
|
||||
|
模式菌株* (12) |
1：模式菌株 2：非模式菌株 |
||||
|
主要用途* (13) |
1：分类 2：研究 3：教学4：分析检测 5：生产 6：其它 |
||||
|
基本特征特性描述信息 |
|||||
|
特征特性(14) |
|
||||
|
具体用途(15) |
|
||||
|
生物危害程度* (16) |
1：一类 2：二类 3：三类 4：四类 5：不清楚 |
||||
|
寄主名称(17) |
|
||||
|
致病对象(18) |
1：人2：动物3：人畜共患 4：植物5：微生物 6：无7：不清楚 |
||||
|
致病名称 (19) |
|
传播途径(20) |
|
||
|
分离基物(21) |
|
采集地(22) |
|
||
|
培养基编号* (23) |
|
培养温度* (24) |
|
||
|
其它描述信息 |
|||||
|
基因元器件(25) |
|
||||
|
记录地址(26) |
|
图像(27) |
|
||
|
收藏单位信息 |
|||||
|
机构名称* (28) |
|
机构名称缩写(29) |
|
||
|
隶属单位名称* (30) |
|
||||
|
资源保藏类型* (31) |
1：培养物 2：二元培养物 3：基因 4：其它 |
||||
|
保存方法* (32) |
1：液氮超低温冻结法 2：-80℃冰箱冻结法 3：真空冷冻干燥法 4：矿物油法 5：定期移植法 6：其它 |
||||
|
实物状态* (33) |
1：有实物 2：无实物 |
||||
|
共享信息 |
|||||
|
共享方式* (34) |
1：公益性共享 2：公益性借用共享 3：合作研究共享4：知识产权性交易共享 5：资源纯交易性共享 6：资源租赁性共享 7：资源交换性共享 8：收藏地共享 9：行政许可性共享 |
||||
|
提供形式* (35) |
1：斜面培养物 2：冻干物 3：冻结物 4：其它 |
||||
|
获取途径* (36) |
1：邮件 2：现场获取 3：网上订购 4：其它 |
||||
|
联系方式* (37) |
|
||||
|
源数据主键(38) |
|
||||
注：*必填项
（二）共性描述规范简表
表2 微生物菌种资源共性描述规范简表
|
序号 |
类别 |
编码 |
描述符 |
说明 |
|
1 |
1 |
101 |
平台资源号 |
国家自然科技资源e-平台统一生成的资源编号 |
|
2 |
1 |
102 |
菌株保藏编号 |
菌种资源在保藏单位的编号 |
|
3 |
1 |
103 |
中文名称 |
菌种资源的中文名称 |
|
4 |
1 |
104 |
属名 |
菌种资源的分类学属名 |
|
5 |
1 |
105 |
种名加词 |
菌种资源分类学的种名加词 |
|
6 |
1 |
106 |
其它保藏中心编号 |
菌种资源在其它保藏中心的保藏编号 |
|
7 |
1 |
107 |
来源历史 |
菌种资源在收藏单位之间的转移情况 |
|
8 |
1 |
108 |
收藏时间 |
菌种资源被保藏机构收集、保藏的时间 |
|
9 |
1 |
109 |
原始编号 |
菌种资源的原始分离编号 |
|
10 |
1 |
110 |
原产国 |
菌种资源分离基物采集地所在国家名称 |
|
11 |
2 |
201 |
资源归类编码 |
国家自然科技资源平台资源分级归类与编码标准中的编码 |
|
12 |
2 |
202 |
模式菌株 |
菌种资源是否是模式菌株 |
|
13 |
2 |
203 |
主要用途 |
1：分类 2：研究 3：教学4：分析检测 5：生产 6：其它 |
|
14 |
3 |
301 |
特征特性 |
菌种资源的分类学特征、营养类型、最适温度类型、水活度、酸碱适应性、需氧类型以及其它特殊特性 |
|
15 |
3 |
302 |
具体用途 |
菌种资源的具体用途 |
|
16 |
3 |
303 |
生物危害程度 |
1：一类 2：二类 3：三类 4：四类 5：不清楚 |
|
17 |
3 |
304 |
寄主名称 |
菌种资源寄生宿主的中文或拉丁名称 |
|
18 |
3 |
305 |
致病对象 |
1：人2：动物3：人畜共患 4：植物5：微生物 6：无7：不清楚 |
|
19 |
3 |
306 |
致病名称 |
菌种资源引起的疾病名称及其组织部位 |
|
20 |
3 |
307 |
传播途径 |
传播途径主要包括接触传播、空气传播、食物传播、水传播、血液传播等 |
|
21 |
3 |
308 |
分离基物 |
菌种资源分离基物的具体名称 |
|
22 |
3 |
309 |
采集地 |
分离基物的采集地区和采集地点 |
|
23 |
3 |
310 |
培养基编号 |
菌种资源最适培养基的统一编号 |
|
24 |
3 |
311 |
培养温度 |
菌种资源的最适培养温度 |
|
25 |
4 |
401 |
基因元器件 |
特定用途的载体或核酸片段包括质粒、F因子、载体、筛选标记基因、启动子、增强子、信号肽基因等 |
|
26 |
4 |
402 |
记录地址 |
提供菌种资源详细信息的网址或数据库记录联接 |
|
27 |
4 |
403 |
图象 |
菌种资源的细胞或菌落形态的数字图像 |
|
28 |
5 |
501 |
机构名称 |
菌种资源保藏机构全称 |
|
29 |
5 |
502 |
机构名称缩写 |
菌种资源保藏机构名称的英文缩写 |
|
30 |
5 |
503 |
隶属单位名称 |
菌种资源保藏机构隶属单位全称 |
|
31 |
5 |
504 |
资源保藏类型 |
1：培养物 2：二元培养物 3：基因 4：其它 |
|
32 |
5 |
505 |
保存方法 |
1：液氮超低温冻结法 2：-80℃冰箱冻结法 3：真空冷冻干燥法 4：矿油覆盖法 5：定期移植法 6：其它 |
|
33 |
5 |
506 |
实物状态 |
1：有实物 2：无实物 |
|
34 |
6 |
601 |
共享方式 |
1：公益性共享 2：公益性借用共享 3：合作研究共享4：知识产权性交易共享 5：资源纯交易性共享 6：资源租赁性共享 7：资源交换性共享 8：收藏地共享 9：行政许可性共享 |
|
35 |
6 |
602 |
提供形式 |
1：斜面培养物 2：冻干物 3：冻结物 4：其它 |
|
36 |
6 |
603 |
获取途径 |
1：邮件 2：现场获取 3：网上订购 4：其它 |
|
37 |
6 |
604 |
联系方式 |
获取菌种资源的联系方式，如保藏机构的地址、邮编、联系人、电话、E-mail等 |
|
38 |
6 |
605 |
源数据主键 |
连接菌种资源特性数据的主键值 |
（三）共性描述规范
微生物菌种资源共性描述规范
1 范围
本规范规定了微生物菌种资源统一的描述符及其分级标准。
本规范适用于微生物菌种资源的收集、整理和保存，数据标准和数据质量控制规范的制定，以及数据库和信息共享网络系统的建立。
2 规范性引用文件
下列文件中的条款通过本规范的引用而成为本规范的条款。凡是注日期的引用文件，其随后所有的修改单（不包括勘误的内容）或修订版均不适用于本规范，然而，鼓励根据本规范达成协议的各方研究是否可使用这些文件的最新版本。凡是不注日期的引用文件，其最新版本适用于本规范。
《病原微生物实验室生物安全管理条例》国务院令第424号
科技部自然科技资源平台联合管理办公室文件《微生物资源分类编码体系》
3 护照信息
3.1 平台资源号
国家自然科技资源e-平台统一生成的资源编号，平台资源号长度为18位，前9位是资源单位编码，后9位是流水号，参见附件2。
3.2 菌株保藏编号
微生物菌种资源在保藏机构的保藏编号，由前缀和菌株编号两部分组成。前缀为保藏机构名称的英文缩写，前缀和菌株编号之间留半角空格。
3.3 中文名称
微生物菌种资源的中文名称。尚无中文译名时，可填“暂无”。
3.4 属名
微生物菌种资源的分类学属名。非英文词（拉丁词、希腊词等）以斜体字表示。
3.5种名加词
微生物菌种资源分类学的种名加词，以种名加词+（亚种或变种的加词）表示，非英文词（拉丁词、希腊词等）以斜体字表示，未确定种名，种的加词以“sp.”（正体字）代替。
3.6 其它保藏中心编号
微生物菌种资源在其它菌种保藏中心的保藏编号。其它保藏中心编号前以“=”开头，保藏编号之间用 “=”连接。
3.7 来源历史
微生物菌种资源在收藏单位之间的转移情况。收藏单位前以左指向箭头“←”开头，收藏单位之间用左指向箭头连接。
3.8 收藏时间
微生物菌种资源被保藏机构收集、保藏的时间。格式为YYYYMMDD，其中YYYY为年，MM为月，DD为日。
3.9 原始编号
微生物菌种资源的原始分离编号。
3.10 原产国
微生物菌种资源分离基物采集地所在国家名称。
4 标记信息
4.1 资源归类编码
国家自然科技资源平台资源分级归类与编码标准中的编码，参见《微生物资源分类编码体系》。
4.2模式菌株
微生物菌种资源是否为模式菌株。
1：模式菌株
2：非模式菌株
4.3 主要用途
微生物菌种资源的主要用途。
1：分类
2：研究
3：教学
4：分析检测
5：生产
6：其它
5 基本特征特性描述信息
5.1 特征特性
微生物菌种资源的主要分类学特征、营养类型、最适温度类型、水活度、酸碱适应性、需氧类型以及其它特殊特性（如代谢特点和突变类型等）。
5.2 具体用途
微生物菌种资源的具体用途。
5.3 生物危害程度
病原微生物菌种资源的分类，其分类方法见《病原微生物实验室生物安全管理条例》。
1：一类
2：二类
3：三类
4：四类
5：不清楚
5.4寄主名称
微生物菌种资源寄生宿主的中文或拉丁名称。
5.5 致病对象
病原微生物菌种资源的致病对象类群。
1：人
2：动物
3：人畜共患
4：植物
5：微生物
6：无
7：不清楚
5.6致病名称
微生物菌种资源引起的疾病名称及其组织部位。
5.7 传播途径
微生物菌种资源在自然界的传播途径，如接触传播、空气传播、食物传播、水传播、血液传播等。
5.8 分离基物
微生物菌种资源分离物质的具体名称，对于寄生或共生的宜指明分离的具体组织部位。
5.9 采集地
微生物菌种资源分离基物的采集地区和采集地点。
5.10 培养基编号
微生物菌种资源最适培养基的统一编号，由前缀和培养基编号两部分组成。编号以4位数表示，培养基的统一编号参考《中国菌种目录》。
5.11 培养温度
微生物菌种资源的最适培养温度，单位为℃。
6 其它描述信息
6.1 基因元器件
微生物菌种资源携带的特定用途的质粒、F因子、载体、筛选标记基因、启动子、增强子、信号肽基因等。
6.2 记录地址
提供微生物菌种资源详细信息的网址或数据库记录链接。
6.3 图象
微生物菌种资源的数字图像信息，如细胞、菌丝、菌落、生殖体等。数字图像的文件大小宜在200K以内，以外部文件存放，在该字段上填写图像文件的文件名称。图像文件命名规则为：平台资源号.jpg。
7 保藏单位信息
7.1 机构名称
微生物菌种资源保藏机构的全称。
7.2 机构名称缩写
微生物菌种资源保藏机构名称的英文缩写。
7.3 隶属单位名称
微生物菌种资源保藏机构隶属单位全称。
7.4 资源保藏类型
微生物菌种资源的类型。
1：培养物
2：二元培养物
3：基因
4：其它
7.5 保藏方法
微生物菌种资源长期保藏采用的技术方法。
1：液氮超低温冻结法
2：-80℃冰箱冻结法
3：真空冷冻干燥法
4：矿物油法
5：定期移植法
6：其它
7.6 实物状态
微生物菌种资源的实物状态。
1：有实物
2：无实物
8 共享信息
8.1 共享方式
微生物菌种资源的共享方式。
1：公益性共享
2：公益性借用共享
3：合作研究共享
4：知识产权性交易共享
5：资源纯交易性共享
6：资源租赁性共享
7：资源交换性共享
8：收藏地共享
9：行政许可性共享
8.2 提供形式
提供给资源利用者的微生物菌种资源的形式。
1：斜面培养物
2：冻干物
3：冻结物
4：其它
8.3 获取途径
获得微生物菌种资源的途径。
1：邮件
2：现场获取
3：网上订购
4：其它
8.4 联系方式
获取微生物菌种资源的联系方式，包括保藏机构的地址、邮编、联系人、电话、E-mail等。
8.5 源数据主键
连接微生物菌种资源特性数据的主键值，以菌种保藏编号（无空格）表示。
附件1 共性描述示例
微生物菌种资源共性描述示例
|
护照信息 |
||||||
|
平台资源号*(1) |
1511C0001000000001 |
菌株保藏编号* (2) |
ACCC 10257 |
|||
|
中文名称(3) |
岸喜盐芽孢杆菌 |
属名* (4) |
Halobacillus |
|||
|
种名加词(5) |
litoralis |
其它保藏中心编号(6) |
=DSM 10405=ATCC 200076 |
|||
|
来源历史(7) |
← DSMZ |
收藏时间(8) |
20040218 |
|||
|
原始编号(9) |
SL-4 |
原产国(10) |
美国 |
|||
|
标记信息 |
||||||
|
资源归类编码*(11) |
15131311104 |
|||||
|
模式菌株*(12) |
1：模式菌株 2：非模式菌株 |
|||||
|
主要用途*(13) |
1：分类 2：研究 3：教学4：分析检测 5：生产 6：其它 |
|||||
|
基本特征特性描述信息 |
||||||
|
特征特性(14) |
杆状，G+，形成椭圆形内生芽孢，好氧、最适盐浓度为10％，可耐1－24％的NaCl浓度，葡萄糖、蔗糖、麦芽糖、果糖产酸，半乳糖不产酸，不分解酪朊、淀粉，接触酶、氧化酶阳性 |
|||||
|
具体用途(15) |
分类学及高盐极端微生物的研究 |
|||||
|
生物危害程度*(16) |
1：一类 2：二类 3：三类 4：四类 5：不清楚 |
|||||
|
寄主名称(17) |
|
|||||
|
致病对象(18) |
1：人 2：动物3：人畜共患4：植物 5：微生物 6：无 7：不清楚 |
|||||
|
致病名称(19) |
|
传播途径(20) |
|
|||
|
分离基物(21) |
土壤表面高盐的沉积物 |
采集地(22) |
尤他州，大盐湖 |
|||
|
培养基编号* (23） |
0002 |
培养温度* (24) |
30℃ |
|||
|
其它描述信息 |
||||||
|
基因元器件(25) |
|
|||||
|
记录地址(26) |
图像(27) |
1511C0001000000001.jpg |
||||
|
收藏单位信息 |
||||||
|
机构名称* (28) |
中国农业微生物菌种保藏管理中心 |
机构名称缩写(29) |
ACCC |
|||
|
隶属单位名称* (30) |
中国农业科学院农业资源与农业区划研究所 |
|||||
|
资源保藏类型* (31) |
1：培养物 2：二元培养物 3：基因 4：其它 |
|||||
|
保存方法* (32) |
1：液氮超低温冻结法 2：-80℃冰箱冻结法 3：真空冷冻干燥法 4：矿物油法 5：定期移植法 6：其它 |
|||||
|
实物状态* (33) |
1：有实物 2：无实物 |
|||||
|
共享信息 |
||||||
|
共享方式* (34) |
1：公益性共享 2：公益性借用共享 3：合作研究共享4：知识产权性交易共享 5：资源纯交易性共享 6：资源租赁性共享 7：资源交换性共享 8：收藏地共享 9：行政许可性共享 |
|||||
|
提供形式* (35) |
1：斜面培养物 2：冻干物 3：冻结物 4：其它 |
|||||
|
获取途径* (36) |
1：邮件 2：现场获取 3：网上订购 4：其它 |
|||||
|
联系方式* (37) |
北京海淀区中关村南大街12号,中国农业科学院农业资源与农业研究所,邮编:100081,电话:010-68918636,联系人:姜瑞波,E-mail:accc@caas.ac.cn |
|||||
|
源数据主键(38) |
ACCC 10257 |
|||||
注：*必填项
附件2 平台资源编号规则
平台资源号长度为18位，前9位是资源单位/人编号，后9位是流水号。
1 前9位数字编写规则
1.1 资源保藏单位/人编号规则
编号规则：微生物菌种资源分类编号（15）+ 单位所在区域编号（2位）+ 资源单位性质代码（P或C）+ 资源保藏单位/人序号（4位）
|
代码 |
省市名称 |
代码 |
省市名称 |
|
11 |
北京市 |
44 |
广东省 |
|
12 |
天津市 |
45 |
广西壮族自治区 |
|
13 |
河北省 |
46 |
海南省 |
|
14 |
山西省 |
50 |
重庆市 |
|
15 |
内蒙古自治区 |
51 |
四川省 |
|
21 |
辽宁省 |
52 |
贵州省 |
|
22 |
吉林省 |
53 |
云南省 |
|
23 |
黑龙江省 |
54 |
西藏自治区 |
|
31 |
上海市 |
61 |
陕西省 |
|
32 |
江苏省 |
62 |
甘肃省 |
|
33 |
浙江省 |
63 |
青海省 |
|
34 |
安徽省 |
64 |
宁夏回族自治区 |
|
35 |
福建省 |
65 |
新疆维吾尔族自治区 |
|
36 |
江西省 |
71 |
台湾省 |
|
37 |
山东省 |
81 |
香港特别行政区 |
|
41 |
河南省 |
82 |
澳门特别行政区 |
|
42 |
湖北省 |
99 |
不详 |
|
43 |
湖南省 |
|
|
P（Person）表示资源提供者是自然人；
C（Corporation）表示资源提供者是法人实体。
资源保藏单位/人序号排名不分先后，只依据数据进入E-平台数据库的先后顺序来编号，具体序号由国家自然科技资源平台管理联合办公室统一给出。
2 后9位数字编写规则 .
后9位数字为流水号，依据数据进入E-平台数据库的先后顺序生成。
附件3 微生物菌种资源共性描述规范制定参加人员
主要制定人员单位及名单
中国农业科学院农业资源与农业区划研究所
姜瑞波、顾金刚、张晓霞、张瑞颖、李世贵、阮志勇、马晓彤
中国兽医药品监察所
陈敏、蒋玉文、康孟佼
中国林业科学研究院森林保护研究所
朴春根、田国忠、淮稳霞
中国食品发酵工业研究院
程池、李金霞、胡海蓉
中国药品生物制品检定所
叶强、李凤祥、王军志
中国医学科学院医药生物技术研究所
张月琴、刘红宇、黄明玉
中国科学院微生物研究所
周宇光、张向民、王有智
