棒杆菌属菌种资源描述规范
起草单位：中国食品发酵工业研究院
目 次
前 言........................................................................................................... 3
引 言........................................................................................................... 4
1 范围............................................................................................................. 5
2 规范性引用文件................................................................................................ 5
3 术语和定义...................................................................................................... 5
4 要求.............................................................................................................. 6
5 描述内容......................................................................................................... 6
附 录 A......................................................................................................... 11
参考文献........................................................................................................... 13
前 言
本规范由国家自然科技资源平台建设项目提出。
本规范起草单位：中国农业科学院农业资源与农业规划研究所、中国科学院微生物研究所、中国林业科学研究院森林保护研究所、中国药品生物制品检定所、中国医学科学院医药生物技术研究所、中国兽医药品监察所、中国食品发酵工业研究院。
本规范主要起草人：程池、马凯、李金霞、姚粟、姜瑞波、顾金刚、周宇光、朴春根、叶强、张月琴、陈敏等。
引 言
棒杆菌是重要的工业生产菌种，同时有一些菌种又是人和动物的致病菌，所以对棒杆菌属的特征进行规范描述十分必要。制定本规范是为了规范棒杆菌属菌种资源描述标准，便于棒杆菌属菌种资源的收集、保存、鉴定、评价、研究和利用，有效整理菌种资源，促进菌种资源信息化，实现菌种资源的高效共享和可持续利用。
棒杆菌属菌种资源描述规范
1 范围
本规范规定了棒杆菌属菌种资源的描述要素和描述规范。
本规范适用于棒杆菌属菌种资源的收集、整理和保藏，数据标准和数据质量控制规范的制定，以及数据库和信息共享网络系统的建立。
2 规范性引用文件
下列文件中的条款通过本规范的引用而成为本规范的条款。凡是注日期的引用文件，其随后所有的修改单（不包括勘误的内容）或修订版均不适用于本规范，然而，鼓励根据本规范达成协议的各方研究是否可使用这些文件的最新版本。凡是不注日期的引用文件，其最新版本适用于本规范。
《病原微生物实验室生物安全管理条例》
GB 19489 实验室 生物安全通用要求
GB T 2260-1999 全国县及县以上行政区划代码表
自然科技资源分级归类与编码标准（微生物菌种资源）
WS 233-2002 微生物和生物医学实验室生物安全通用准则
《自然科技资源共性描述规范（试行）》
3 术语和定义
下列术语和定义适用于本规范。
棒杆菌属属于高G+C革兰氏阳性菌系统发育分支，细胞呈直到弯曲的细杆，具有渐尖或棒端的杆菌。革兰氏染色阳性(有时不均匀着色)；不产芽孢；不运动；不抗酸或弱抗酸；常含有异染粒；细胞常呈典型的V形排列；兼性厌氧到好氧；接触酶阳性；化能异养；具有A1γ型直接交联的肽聚糖，细胞壁含meso-DAP；细胞糖组分含阿拉伯糖和半乳糖；除少数种外，都含有枝菌酸；磷酸类脂为PI型，主要甲基萘醌为MK-8(H2)和MK-9(H2)。属内大部分种的G+C mol%为51－68％。
分类地位为：放线菌门(Actinobacteria)、放线菌纲(Actinobacteria)、放线菌目(Actinomycetales)、棒杆菌亚目（Corynebacterineae）、棒杆菌科 (Corynebacteriaceae)、棒杆菌属(Corynebacterium)。
模式种为白喉棒杆菌（Corynebacterium diphtheriae）。
放线菌类酯中一种具有分枝结构的长链高分子脂肪酸。
细胞内颗粒的一种，细菌特有的贮存物, 可作为碳源和能源, 当碳源丰富而氮源不足时, 一些细菌积累PHB。
细胞内颗粒的一种磷酸的聚合物，由于可以将蓝色的碱性染料变为红色而得名。
细菌在生长过程中由细胞内分泌到细胞外的毒性物质，化学成分一般是蛋白质。
4 要求
4.1 描述要求：
——描述内容应清楚、准确无歧义，力求完整；
——要充分考虑该菌株的最新研究进展；
——要充分考虑利用者对菌株信息的需求；
——能被微生物专业人员理解。
4.2 描述要素
描述要素分为2类：
——M：必备要素，必须描述的要素；
——O：可选要素，其描述与否视具体菌株而定。
4.3 按描述内容所列条目的要求逐项填写附录A表。
5 描述内容
5.1基本信息
5.1.1学名(M)
应指明该菌株完整的科学名称。对于鉴定到属、未鉴定到种的菌株，以“Corynebacterium sp.”或“Corynebacterium spp.”表示。
5.1.2中文名称(M)
应指明该菌株的中文名称（如有别名，可在括号中注明）。尚无中文译名时，填写“暂无”。
5.1.3资源归类编码（M）
棒杆菌属的资源归类编码为15131531101，参见《自然科技资源共性描述规范（试行）》。
5.1.4菌株保藏编号(M)
应指明该菌株在专业保藏机构的保藏编号。保藏编号由前缀和菌株编号两部分组成。前缀为保藏机构英文名称的缩写，前缀和菌株编号之间应留空格。
5.1.5其他保藏中心编号(M)
宜指明该菌株在其他菌种保藏中心的保藏编号。其他保藏中心编号前以等号“=”开头，保藏编号之间用等号“=”连接。
5.1.6来源历史(M)
得到该微生物菌种资源的途径，应指明该菌株在收藏单位之间的转移情况。收藏单位前以左指向箭头“←”开头，收藏单位之间用左指向箭头“←”连接。
5.1.7分离人（O）
应指明该菌株最初分离人的姓名。
5.1.8分离时间（O）
宜指明该菌株的分离时间。格式为YYYYMMDD，其中YYYY为年，MM为月，DD为日。
5.1.9原始编号(O)
宜指明该菌株原始分离编号。
5.1.10鉴定人（O）
宜指明该菌株的鉴定人。
5.1.11鉴定人所在单位（O）
宜指明该菌株的鉴定人所在单位。
5.1.12收藏时间（O）
宜指明保藏机构收集、保存该菌株的时间。格式为YYYYMMDD，其中YYYY为年，MM为月，DD为日。
5.1.13原产国或地区(O)
应指明该菌株分离基物采集地所在国家或地区名称。
5.1.14采集地(O)
宜指明该菌株分离基物的采集地区（经纬度及海拔）和采集地点。采集地区详细到县（GB 行政区划代码）。
5.1.15分离基物(O)
宜指明该菌株具体的分离物质，对于寄生或共生的宜指明分离的具体组织部位。
5.1.16采集地生境(O)
宜描述该菌株分离基物采集地的具体生态环境。采样时间的气候特征等。参照《微生物菌种资源采集环境描述规范（试行）》。
5.1.17生物危害程度(M)
应指明该菌株的生物危害程度。参照《病原微生物实验室生物安全管理条例》将微生物分为：
1：一类；
2：二类；
3：三类；
4：四类；
5：未确定。
5.1.18致病对象(M)
应指明该菌株的致病对象类群。包括：
1：无；
2：人类；
3：动物；
4：人畜共患；
5：植物；
6：微生物；
7：未确定。
5.1.19致病名称(O)
应指明该菌种能够引起的疾病名称及感染的组织部位寄主名称。
5.1.20传播途径(O)
传播途径主要包括：
1：接触；
2：空气；
3：食物；
4：水；
5：血液；
6：其他。
5.1.21培养基编号(M)
应指明该菌株最适培养基的统一编号。统一编号由前缀和培养基编号两部分组成。前缀为统一培养基编号的英文缩写CM，编号以4位数表示，前缀和编号之间不留空格。培养基的统一编号参考《中国菌种目录》。
5.1.22 模式菌株（M）
应指明该菌株是否为模式菌株，其中模式菌株包括当前承认种的模式和异名的模式。
1：模式菌株；
2：非模式菌株。
5.1.23分类地位 (O)
应指明该菌株的的界、门、纲、目、科、属、种。
如需要，应指明该菌株的变种、亚种名等。
5.2 多相分类特征
棒杆菌属成员的液体培养特征形态描述应在标准培养条件下培养并描述。标准培养条件包括标准培养基、培养温度及培养时间。常用标准培养基有：酪蛋白胨－大豆蛋白胨液体培养基（peptone casein-bean peptone medium）；蛋白胨－酵母提取物－葡萄糖培养基（PYG）；培养温度：37℃（人和动物寄生菌和病原菌)或25-30℃（非病原菌）。培养时间为：24-48 h。最适 pH。
应指明细胞的形态，包括直杆状、弯杆状、 棒状或鞭柄状等。
应指明细胞的排列方式，包括单个、成对、V字型或几个平行细胞的栅状排列。
应指明细胞的革兰氏染色结果。
应指明细胞是否有运动性。
应指明细胞是否产生芽孢。
应指明细胞内是否有异染粒或聚β-磷酸盐颗粒; 是否有鞭毛和纤毛。
应指明该菌株单个营养细胞的大小，并以“宽×长”表示，单位为微米(μm)。
应指明该菌株对氧的需求情况，包括厌氧、微需氧、好氧、兼性厌氧等。
是否浑浊，是否有颗粒沉淀，是否形成膜。
应指明该菌株生长的最适温度（℃）和最适pH。
宜指明该菌株生长是否需要其他生长因子。
宜指明该菌种能够耐受的最高NaCl的浓度以及最适的NaCl浓度。
棒杆菌属菌种的固体培养特征形态描述应在标准培养条件下培养并描述，标准培养条件包括标准培养基、培养温度及培养时间。标准培养基有：脑心浸液琼脂培养基（BHI agar）、营养琼脂培养基（Nutrient agar）；葡萄糖琼脂培养基（Glucose agar）；血琼脂培养基（Columbia blood agar）。培养温度为：37℃或25℃。培养时间为：24－48 h。
应指明该菌株在固体培养基上形成的菌落的质地：是否透明，与培养基结合是否紧密，是否触之易碎。
应指明该菌株在固体培养基上形成菌落的颜色以及是否产生可溶性色素及其颜色。
应指明该菌株在固体培养基上形成的菌落的特征，包括：
——菌落表面光滑或粗糙；
——菌落边缘是否平滑(全缘)；
——菌落是平伏还是隆起。
宜给出该菌株的菌落、细胞等的光镜与电镜图象信息，并注明所用培养基、培养时间及放大倍数等。
宜指明该菌株是否能够利用以下15种糖产酸：葡萄糖(glucose)、阿拉伯糖(Arabose)、木糖（xylose）、鼠李糖（rhamnose）、果糖（fructose）、半乳糖(galactose)、甘露糖(mannose)、乳糖(lactose)、麦芽糖(maltose)、蔗糖(sucrose)、海藻糖(trehalose)、棉子糖（raffinose）、水杨苷（salicin）、糊精（dextrin）、淀粉（starch）。
宜指明该菌株不同酶学试验的反应结果，包括：
磷酸酶（phosphatase）、接触酶（catalase）、脂肪酶（lipase），β-葡糖苷酸酶（β-glucuronidase）、鸟氨酸脱羧酶（ornithine decarboxylase）、精氨酸水解酶（arginine dehydrolase）、赖氨酸脱羧酶（lysine decarboxylase）、α、β－半乳糖苷酶（α、β-galactosidase）、N-乙酰-β-氨基葡萄糖苷酶（N-acetyl-β-glucosaminidase）、β－葡萄糖苷酶（β-glucosidase）、吡嗪酰胺酶（pyrazinamidase）等。
宜指明该菌株是否能够还原硝酸盐。
宜指明该菌株能否分解熊果苷。
宜指明该菌株能否水解七叶灵。
宜指明该菌株是否水解淀粉。
宜指明该菌株是否有石蕊牛奶的反应以及反应的现象，包括颜色、是否凝固。
宜指明该菌株是否液化明胶。
宜指明该菌株能否产生脲酶分解尿素。
宜指明该菌株能否水解马尿酸。
宜指明该菌株能否水解酪氨酸。
宜指明该菌株能否水解酪素。
因部分棒杆菌菌株为人畜病原菌，所以宜指明该菌株对不同抗生素的敏感性及能否溶血。
宜指明细胞壁的主要氨基酸组分。
宜指明全细胞水解物的主要糖。
宜指明脂肪酸的组成及所占比例。
宜指明主要磷酸脂类组成。
宜指明主要的甲基萘醌的组成及所占的比例。
宜指明主要的枝菌酸。
宜指明该菌株的抗原－抗体反应类型。
宜指明该菌株携带的特定用途的质粒、载体、噬菌体、筛选标记基因、启动子、增强子、信号肽基因等。
宜指明该菌株DNA的鸟嘌呤(G)和胞嘧啶(C)在核苷酸中的摩尔百分含量。
宜指明该菌株的基因序列信息，如16S rRNA基因，并注明核苷酸序列注册号。
5.3 具体用途(O)
应指明该菌株的具体用途。
5.4文献信息(O)
宜列出该菌株公开发表的文献资料。
5.5保藏方法(M)
应指明适合该菌株短期和长期保藏的技术和方法。保藏单位信息、共享方式、提供形式、获取途径、联系方式。
附录A
国家自然科技资源平台棒杆菌属菌种资源描述表(表内字体大小要一致)
填表日期： 年 月 日
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基本信息 |
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学名 |
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中文名称 |
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资源归类编码 |
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菌株保藏编号 |
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其他保藏中心编号 |
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来源历史 |
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分离人 |
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分离时间 |
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原始编号 |
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鉴定人 |
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鉴定人所在单位 |
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收藏时间 |
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原产国或地区 |
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采集地（海拔、经纬度） |
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分离基物 |
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采集地生境 |
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生物危害程度 |
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致病对象 |
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致病名称 |
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传播途径 |
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培养基编号 |
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培养温度(℃) |
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模式菌株 |
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分类地位 |
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寄主名称 |
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保藏类型 |
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保存方法 |
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获取途径及联系方式 |
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特征特性信息 |
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液体培养特征 |
液体标准培养条件 |
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细胞形态及大小 |
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细胞排列方式 |
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革兰氏染色 |
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耐盐性 |
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细胞运动性 |
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氧的需求 |
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宏观特征 |
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胞内物质及附属物 |
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生长因子 |
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培养温度及pH |
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固体培养特征 |
固体标准培养条件 |
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菌落质地 |
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菌落颜色 |
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菌落特征 |
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细胞化学组分分析 |
细胞壁氨基酸 |
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全细胞水解物糖类型 |
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细胞脂肪酸分析 |
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磷酸类脂分析 |
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甲基萘醌类分析 |
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枝菌酸分析 |
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生理生化特性 |
糖类发酵实验 |
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酶学试验 |
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生长因子需求试验 |
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硝酸盐还原试验 |
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石蕊牛奶试验 |
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明胶液化实验 |
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熊果苷裂解实验 |
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尿素分解试验 |
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马尿酸水解 |
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七叶灵水解 |
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酪氨酸水解 |
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酪素水解 |
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药物敏感试验 |
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淀粉水解 |
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溶血试验 |
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温度试验 |
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pH试验 |
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耐盐试验 |
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耐酸性试验 |
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遗传信息 |
血清型 |
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基因元器件 |
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DNA的G+C mol% |
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核苷酸序列信息 |
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营养缺陷型 |
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其他信息 |
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具体用途 |
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图像信息 |
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文献信息 |
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保存方法 |
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参考文献
[1] John G. Holt et al. 1994. Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology. 9 th edition.
[2] R.E. 不坎南, N. E. 吉本斯。 1984年。 伯杰氏细菌鉴定手册(第八版) 。
[3] 东秀珠、蔡妙英。2001。 常见细菌系统鉴定手册。北京：科学出版社。
[4] 阮纪生、 刘志恒、梁丽糯、杨德成。1990。放线菌研究及应用。北京： 科学出版社。
[5] M.T.马迪根、J.M.马丁克、J.帕克。微生物生物学。杨文博等译。北京：科学出版社。2001。
[6] 周德庆。1993。微生物学教程。北京：高等教育出版社。
[7] 曹一化、刘旭。《自然科技资源共性描述规范（试行）》北京：中国科学技术出版社。
[8] 刘志恒、姜成林。2004。放线菌现代生物学与生物技术。北京：科学出版社。
[9] Eggeling L, Bott M. 2005 Handbook of Corynebacterium glutamicum. CRC Press
[10] 沈昭文 等。 1996。 英汉/汉英生物化学词汇。科学出版社。
