细菌菌种资源描述规范
起草单位：中国科学院微生物研究所
目 次
前 言................................................................. 3
引 言................................................................. 4
1 范围................................................................... 5
2 规范性引用文件......................................................... 5
3 术语和定义............................................................. 5
4 要求................................................................... 5
5 细菌菌种资源共性描述信息............................................... 6
6 细菌菌种资源特征特性描述信息........................................... 7
7 附表................................................................... 9
前 言
本规范由微生物资源平台建设项目提出。
本规范起草单位：中国农业科学院农业资源与农业区划研究所、中国科学院微生物研究所、中国林业科学研究院森林保护研究所、中国药品生物制品检定所、中国医学科学院医药生物技术研究所、中国兽医药品监察所、中国食品发酵工业研究院。
本规范主要起草人：周宇光、姜瑞波、顾金刚、朴春根、叶强、张月琴、陈敏、程池等。
引 言
细菌菌种资源是微生物菌种资源的重要组成部分，是微生物学研究、教学及生物技术产业持续发展的基础，是微生物多样性的重要组成部分。随着科学水平的进步，人们己深刻地认识到微生物菌种保藏对遗传资源和生物多样性的收集和保存具有重要的价值。
制定本规范是为了规范细菌菌种资源描述，便于细菌菌菌种资源的收集、保藏、鉴定、评价、研究和利用，有效整理菌种资源，促进菌种资源信息化，实现菌种资源的高效共享和可持续利用。
细菌菌种资源描述规范
1 范围
本规范规定了细菌菌种资源描述的内容和描述要求。
本规范适用于细菌菌种资源的收集、整理和保藏，以及数据库和信息共享网络系统的建立。
2 规范性引用文件
下列文件中的条款通过本规范的引用而成为本规范的条款。凡是注明日期的引用文件，其随后所有的修改单（不包括勘误的内容）或修订版均不适用于本规范，然而，鼓励根据本规范达成协议的各方，研究是否可以使用这些文件的最新版本。凡是不注明日期的引用文件，其最新版本适用于本规范。
国务院令第424号《病原微生物实验室生物安全管理条例》
科技部自然科技资源平台联合管理办公室文件《微生物菌种资源共性描述规范》
科技部自然科技资源平台联合管理办公室文件《微生物资源分类编码体系》
科技部自然科技资源平台联合管理办公室文件《微生物菌种资源采集环境描述规范》
3 术语和定义
本规范采用下列术语、定义、符号和缩略语。
3.1
细菌 bacterium，复数bacteria
本规范采用广义的细菌概念，指Woese 1990 泛生命树所界定的细菌域中的所有分类群。细菌是一类种类繁多，无处不在的单细胞原核生物。其基本形态为球状、杆状和螺旋状，有些放线菌则形成菌丝体，菌体宽度一般为 0.5-2 微米。大多数细菌具有含肽聚糖的细胞壁。细菌通常是以二分裂法进行增殖，间或出现一些不等分裂和出芽的种类。有一部分细菌还形成芽孢。细菌的遗传结构可通过突变、接合、转导或转化发生改变。其营养要求各不相同，代谢方式也各具其特征。
4 要求
4.1 描述要求
—— 描述内容应清楚、准确，力求完整。
—— 要充分考虑该菌株的最新研究进展；
—— 能被微生物专业人员理解。
4.2 描述要素
描述要素分为2类
—— M：必备要素，必须描述的要素。
—— O：可选要素，其描述与否视具体菌株而定
5 细菌菌种资源共性描述信息
5.1 基本信息
5.1.1 平台资源号（O）
平台资源号长度为18位，前9位是资源单位编码，后9位是流水号，具体编写规则见《微生物菌种资源共性描述规范》。
5.1.2 菌株保藏编号(M)
应指明该菌株在保藏机构的保藏编号，由前缀和菌株编号两部分组成。前缀，即保藏机构英文名称的缩写，前缀和菌株编号之间应留半角空格。
5.1.3 拉丁学名(M)
应指明该菌株的学名，包括属名、种加词及定名人、定名时间。
5.1.4 中文名称(M)
应指明该菌株的中文名称（如有别名，应在括号中注明）。尚无中文译名时，可填“暂无”。
5.1.5 分类学地位(M)
应指明该菌株所属的界、门、纲、目及科。如有可能，可指明该菌株的变种、亚种、专化型、融合种名称及生理小种类型等。
5.1.6 资源归类编码（M）
应指明该微生物菌种资源在自然科技资源平台资源分级归类与编码标准中的编码。参照《微生物资源分类编码体系》。
5.1.7 收藏时间(M)
应指明保藏机构收集、保存该菌株的时间。格式为YYYYMMDD，其中YYYY为年，MM为月，DD为日。
5.1.8 是否模式菌株（M）
应指明该菌株是否为模式菌株。
5.1.9 来源历史(O)
得到该菌株的途径。如菌株转移经过多个保藏机构，则保藏机构之间用一个左指向的箭头（←）连接。
5.1.10 其他保藏单位编号(O)
该菌株在其他菌种保藏机构中的菌株保藏编号。每个其他编号均由 “=” 开头，如编号不止一个时，中间也用“=”连接。
5.1.11 原产国或地区（M）
菌种的分离基物采集地所在国家、地区的名称。
5.1.12 原始编号(M)
该菌株的最初分离编号。
5.1.13 鉴定人(O)
应指明该菌株的鉴定人姓名。
5.1.14 鉴定人所在单位(O)
应指明该菌株的鉴定人所在的单位。
5.1.15 分离人（O）
该菌株的最原始分离人的姓名。
5.1.16 分离时间(O)
该菌株的最初分离时间。格式为YYYYMMDD，其中YYYY为年，MM为月，DD为日。
5.1.17 分离基物(O)
该菌株的分离源，宜指明具体的分离物质。
5.1.18 寄主名称(O)
菌种寄生宿主的中文名称或拉丁文名称。
5.1.19 采集地区(O)
分离基物采集地的行政区划，详细到县。
5.1.20 采集地生境(O)
分离基物具体采集地点的生态环境描述，参见《微生物菌种资源采集环境描述规范》。
5.1.21 培养基编号 (M)
微生物菌种资源最适培养基的统一编号，编号以4位数表示，培养基的统一编号参考《中国菌种目录》。
5.1.22 生物危害程度 (M)
该菌株的生物危害程度分类，参照《病原微生物实验室生物安全管理条例》。
5.1.23 致病对象(O)
病原菌种的具体致病对象类群。应指明是人类、动物、植物或微生物。
5.1.24 致病名称(O)
主要指引起疾病的名称及感染的组织部位。
5.1.25 传播途径与感染方式(O)
传播途径主要包括接触传播、空气传播、食物传播、水传播以及血液、体液传播等；感染方式包括细胞内感染、细胞外感染。
5.1.26 具体用途(M)
指所描述菌株的具体用途。如模式菌株、能产生某些特殊的次生代谢产物等。
5.1.27 基因元器件(O)
该菌株所携带的特定用途的质粒、F因子、载体、筛选标记基因、启动子、增强子、信号肽基因等。
5.1.28 主要代谢产物(O)
指明菌株的主要代谢产物的名称和化学结构类别。
6 细菌菌种资源特征特性描述信息
6.1 表型信息
6.1.1 个体形态特征(M)
细菌描述中常用的个体形态特征有：形状、大小、排列方式、运动性、鞭毛、芽孢、荚膜、抗酸染色，革兰氏染色反应、细胞内含物及贮藏物的存在与否等。上述形态特征具体到某一分类单元，可以只对其中部分内容进行描述。
6.1.2 培养特征(M)
细菌培养特征主要应包括固体琼脂培养基上的菌落形态、半固体琼脂培养基中的穿刺生长情况、液体培养情况、水溶性色素和非水溶性色素的产生情况。
6.1.3 生理生化特征(M)
在细菌分类中常用的生理生化特征的有：营养类型；氧的需求；对温度、pH的需求及耐受性；对盐的耐受性；利用各种碳源、氮源、硫源及其他特殊化合物的能力；对生长因子及其他特殊化合物及营养的需求；对抗生素的敏感性；固氮能力；代谢产物；各种代谢反应，如：糖、醇的发酵等；酶反应。
6.1.4 血清反应 (O)
6.1.5 细胞化学组分特征(M)
细胞化学成分特征主要包括：细胞脂肪酸组分分析、醌组分分析、枝菌酸、细胞壁氨基酸、细胞壁糖型、磷酸类脂等。
6.2 基因型信息(O)
6.2.1 DNA 碱基组成（G+C mol%）(O)
6.2.2 16S rRNA基因序列及其在GenBank中的注册号(O)
6.3 其他描述信息 (O)
6.3.1 图像信息 (O)
菌种的菌落形态和个体形态特征图像。
6.3.2 参考文献 (O)
宜列出与该菌株有关的参考文献。
7 附表
细菌菌种资源描述表
描述日期： 年 月 日
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基本信息 |
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平台资源号 |
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菌株保藏编号 |
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学名 |
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中文名称 |
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分类地位 |
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资源归类编码 |
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收藏时间 |
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是否模式菌株 |
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来源历史 |
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其它保藏机构编号 |
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原产国或地区 |
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原始编号 |
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鉴定人 |
|
鉴定人所在单位 |
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|
分离人 |
|
分离时间 |
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|
分离基物 |
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寄主名称 |
|
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采集地区 |
|
采集地生境 |
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|
培养基编号 |
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生物危害程度 |
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致病对象 |
|
致病名称 |
|
|
传播途径与感染方式 |
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具体用途 |
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基因元器件 |
|
主要代谢产物 |
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特征特性信息 |
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表 型 信 息
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个 体 形 态 特 征 |
形状, 大小, 排列 |
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培 养 特 征 |
菌落形态、大小、质地、颜色等 |
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运动性, 鞭毛 |
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液体培养情况 |
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芽孢, 荚膜 |
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半固体琼脂培养基中的穿刺生长情况 |
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革兰氏染色反应 |
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明胶穿刺培养情况 |
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细胞内含物及贮存物 |
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荧光色素的产生 |
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繁殖方式 |
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其他培养特征 |
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抗酸染色 |
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其他形态特征 |
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生 理 生 化 特 性 |
营养类型 |
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各种代谢反应如：糖、醇的发酵，牛奶反应等 |
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氧的需求, 对光照的需求 |
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各种酶反应如：接触酶，氧化酶等 |
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对温度、pH的需求及耐受性 |
|
对抗生素的敏感性 |
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对盐的耐受性 |
|
固氮能力 |
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|
对生长因子及其他营养的需求 |
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免疫特征 |
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利用各种碳源、氮源及其他化合物的能力 |
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血清反应 |
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其他生理生化特征 |
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细 成胞 分化 特学 征 |
细胞脂肪酸 |
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细胞壁氨基酸 |
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醌 |
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细胞壁糖型 |
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枝菌酸 |
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磷酸类脂 |
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基因型信息 |
DNA 碱基组成（G+C mol% ） |
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16S rRNA基因序列（GenBank注册号） |
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其他描述信息 |
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图象信息 |
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参考文献 |
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参考文献
[1] 鄂永昌等译. 生物学词典. 北京: 科学出版社，1997（日，山田常雄等，岩波生物学辞典，第三版，1983）
[2] 刘志恒, 姜成林主编. 放线菌现代生物学与生物技术. 北京: 科学出版社，2004
[3] 王祖农主编. 微生物学词典. 北京: 科学出版社, 1990
[2] 杨苏声主编. 细菌分类学. 北京: 中国农业大学出版社, 1997
[3] David R, Boone et al. Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology. Second Edition. Volume One. Springer, 2001
