肠道杆菌菌种资源描述规范
起草单位：中国药品生物制品检定所
目 次
前言................................................................................... 3
引言................................................................................... 4
肠道杆菌菌种资源描述规范............................................................... 5
1 范围................................................................................. 5
2 规范性引用文件....................................................................... 5
3 术语、定义、符号、缩写语............................................................. 5
4 描述要求............................................................................. 5
5 描述内容............................................................................. 6
附表1 肠道杆菌菌种资源描述表........................................................... 8
参考文献.............................................................................. 10
前 言
本规范由微生物菌种资源平台建设项目提出。
本规范起草单位：中国药品生物制品检定所、中国农业科学院农业资源与农业区划研究所、中国科学院微生物所、中国林业科学研究院森林保护研究所、中国医学科学院医药生物技术研究所、中国兽医药品监察所、中国食品发酵工业研究院。本规范主要起草人：叶强、陈琼、姜瑞波、顾金刚、周宇光、朴春根、张月琴、陈敏、程池等。
引 言
肠道杆菌 ( Enteric bacilli) 是一大群寄居于人和动物肠道中、兼性厌氧的革兰氏阴性无芽胞杆菌,常随人与动物粪便排出,广泛分布于水、土壤或腐物中。大多数肠道杆菌只有在人体免疫力低下或细菌侵入肠道以外部位时，才引起疾病；而沙门氏菌属、志贺氏菌属、耶尔森氏菌属和病原性埃希氏菌属等致病性肠道杆菌，能引起人类肠道疾病。
肠道杆菌菌种资源是微生物菌种资源的重要组成部分，与其他微生物菌种资源有着相似的共性描述内容，又具有其特殊性。本规范根据当前国家自然科技资源平台建设的总体要求，结合肠道杆菌菌种资源的特点而制定，以实现肠道杆菌菌种资源描述信息的规范化，有利于肠道杆菌菌种资源的收集、保存、鉴定、评价、研究和利用，科学整理菌种资源，促进菌种资源信息化，实现菌种资源的高效共享和可持续利用。
肠道杆菌菌种资源描述规范
1 范围
本规范规定了肠道杆菌菌种资源的描述内容、描述要求。
本规范适用于肠道杆菌菌种资源的收集、整理和保存，数据库和信息共享网络系统的建立。
2 规范性引用文件
下列文件中的条款通过本标准的引用而成为本标准的条款。凡是注日期的引用文件，其随后所有的修改单（不包括勘误的内容）或修订版均不适用于本标准，然而，鼓励根据本标准达成协议的各方研究是否可使用这些文件的最新版本。凡是不注日期的引用文件，其最新版本适用于本标准。
《病原微生物实验室生物安全管理条例》国务院令第424号
GB 19489-2004 实验室生物安全通用要求
GB T2260-1999 全国县及县以上行政区划代码表
平台标准：自然科技资源共性描述规范
3 术语、定义、符号、缩写语
3.1 肠道杆菌 Enteric bacilli
是一大群寄居于人和动物肠道中的革兰氏阴性无芽胞杆菌,常随人与动物粪便排出,广泛分布于水、土壤或腐物中。大多数肠道杆菌只有在人体免疫力低下或细菌侵入肠道以外部位时，才引起疾病；而伤寒杆菌、痢疾杆菌、致病性大肠杆菌等致病性肠道杆菌，能引起人类肠道疾病。
肠道杆菌属于肠杆菌科（Enterobacteriaceae），《伯杰氏细菌鉴定手册》第9版（1994年）中的肠杆菌科有30个属，含115以上的种或亚种。其中沙门氏菌属、志贺氏菌属、耶尔森氏菌属和病原性埃希氏菌属是具有明显致病作用的的细菌。其它菌属如枸橼酸杆菌属、爱德华氏菌属、肠杆菌属、欧文氏菌属、克雷伯氏菌属、变形杆菌属、普罗威登斯氏菌属、沙雷氏菌属菌等多为条件致病菌。
3.2 肠道杆菌菌种资源 Enteric bacilli culture collections
是指经妥善保藏管理的肠道杆菌菌种实物及其相关信息
4 描述要求
4.1 描述要求
对菌株的描述条款应明确而无歧义，并且：
—— 描述内容应清楚、准确，力求完整；
—— 要充分考虑该菌株的最新研究进展；
—— 能被微生物专业人员理解。
4.2 描述要素
描述要素分为2类
—— M：必备要素，必须描述的要素；
—— O：可选要素，其描述与否视具体菌株而定。
5 描述内容
5.1 资源基本信息
5.1.1 拉丁学名(M)
应指明该菌株的完整的科学名称。对于鉴定到属，未鉴定到种的菌株，种名以“属名 sp.”表示。
5.1.2 中文名称(M)
应指明该菌株的中文名称（如有别名，可在括号中注明）。尚无中文译名时，填写“暂无”。
5.1.3 资源归类编码（M）
应指明该菌株的资源归类编码，参见《自然科技资源共性描述规范》。
5.1.4 菌株保藏编号(M)
应指明该菌株在专业保藏机构的保藏编号，保藏编号由前缀和菌株编号两部分组成。前缀为保藏机构英文名称的缩写，前缀和菌株编号之间应留空格。
5.1.5 其它保藏机构编号(O)
宜指明该菌株在其它菌种保藏机构的菌株保藏编号。每个其它保藏机构的编号均由“=”开头，如编号不止一个时，中间也用“=”连接。
5.1.6 来源历史(M)
应指明得到该菌株的途径。如菌株转移经过多个保藏机构，则保藏机构之间用一个左指向的箭头“←”连接。
5.1.7 分离人（M）
应指明该菌株最初分离人的姓名。
5.1.8 分离时间（M）
应指明该菌株的分离时间。
5.1.9 原始编号(M)
应指明该菌株最初分离编号。
5.1.10 鉴定人（O）
宜指明该菌株的鉴定人。
5.1.11 鉴定人所在单位（O）
宜指明该菌株的鉴定人所在单位。
5.1.12 收藏时间（O）
宜指明保藏机构收集、保存该菌株的时间。
5.1.13 原产国或地区(M)
应指明该菌株分离基物采集地所在国家、地区名称。
5.1.14 分离基物(O)
宜指明具体的分离基物名称。
5.1.15 采集地生境(O)
宜描述该菌株分离基物采集具体地点的生态环境，参照《微生物菌种资源采集环境描述规范》。
5.1.16 生物危害等级(M)
应指明该菌株的生物危害等级归类，参照《病原微生物实验室生物安全管理条例》。
5.1.17 培养基(M)
适合肠道杆菌生长的营养物质的名称及统一编号。应参照《中国菌种目录》指明该菌株的培养基编号，如《中国菌种目录》没有收录该培养基，应给出配方及制作方法。
5.1.18 培养条件(M)
指适宜肠道杆菌菌株生长的温度（以℃表示）、相对湿度和其它条件。
5.1.19 培养时间
肠道杆菌在特定培养条件下，生长至成熟（稳定）所需要的时间，以h表示。
5.1.20 模式菌株（M）
凡是模式菌株应予指明。
5.1.21 分类地位 (M)
应指明每个菌株的界、门、纲、目、科、属、种、亚种等。
5.2 特征特性信息
5.2.1 形态特征（M）
5.2.1.1 菌落形态
应指明菌落大小、颜色、形状、表面状况以及其它显著特征，并指明描述菌落形态所用培养基的名称或配方、培养条件。
5.2.1.2 细胞特征
细胞的显著特征：
—— 革兰氏染色特征，应指明培养时间；
—— 细胞的大小，以“宽×长”表示，单位为µm；
—— 细胞的形状及排列方式；
—— 鞭毛特征。
5.2.1.3 培养特性
应描述细菌在血琼平板上是否出现溶血，溶血的类型，在液体培养中是否呈均匀混浊生长等。
5.2.2 生理生化特征(M)
5.2.2.1 普通生理生化特征
应描述该菌株的生化反应有：是否分解葡萄糖或其它糖类，是否产酸，是否产气；氧化酶是否阴性，触酶是否阳性，是否还原硝酸盐，靛基质产生试验、甲基红试验、V-P试验和枸橼酸盐试验、脱羧酶赖氨酸、精氨酸双水解酶、鸟氨酸脱羧酶、硫化氢产生、尿素分解、苯丙氨酸和动力试验，是否分解葡萄糖，是否产酸，是否产气；DNA水解酶（25℃）、明胶水解（22℃）和脂酶水解；发酵乳糖、蔗糖、甘露醇、卫矛醇、水杨苷、肌醇、阿东醇、山梨醇、阿拉伯糖、棉子糖、鼠李糖、麦芽糖、木糖、海藻糖和蜜二糖及OPNG试验结果。
5.2.2.2 快速细菌鉴定系统结果（O）
应给出快速细菌鉴定系统结果。
5.2.3 表面抗原分型(M)
应描述肠道杆菌抗原分型基础、方法和抗原分型结果。主要血清学分型基础是：耐热的菌体（O）抗原、不耐热的鞭毛（H）抗原和包被（K）抗原三种。
5.2.4 基因型信息（O）
5.2.4.1 G+C mol%
宜描述该菌株DNA的G+C mol% 含量，并描述分析所用的方法。
5.2.4.2 16S rDNA序列
宜描述肠道杆菌16S rDNA的测序结果，提供在GenBank/EMBL/DDBJ中的序列注册号。
5.3 生物学特性（O）
5.3.1 感染致病性或毒性
宜描述该菌株对人或动物的感染性或致病性，其侵袭力和毒力。
5.3.2 致病机制及传播途径
宜描述该菌株的致病机制以及传播途径。
5.3.3 流行季节
宜描述该菌株所致疾病与季节的关系。
5.3.4 地理分布
宜描述该菌株所致疾病的地理分布。
5.3.5 组织嗜性
宜描述该菌株的主要易感组织和主要易感细胞。
5.3.6 对宿主致病的病理变化
宜描述该菌株对宿主致病的病理变化情况。
5.3.7 对热的抵抗力
宜描述该菌株对温度的耐受程度
5.3.8 消毒剂的敏感性
宜描述该菌株对消毒剂敏感的种类及敏感程度。
5.3.9 对抗生素的敏感性
宜描述该菌株对抗生物敏感的种类及敏感程度。
5.3.10 免疫保护性
宜描述针对肠道杆菌的细胞或体液免疫及其保护作用。
5.4 功能特性
宜描述肠道杆菌菌种的主要用途。包括分类学、分析检测、经济用途、环保、医学、研究、教学等。
5.5 其他信息
5.5.1 保藏方法(M)
保存肠道杆菌菌种资源采用的技术方法。包括液氮超低温冻结、-80℃冰箱冻结、真空冷冻干燥、石蜡油斜面、斜面、其他等。
5.5.2 显微图片(M)
肠道杆菌的显微图片。
5.5.3 参考文献(O)
肠道杆菌菌种资源相关的资料信息，包括书籍、期刊、学术报告及其他。
附表1 肠道杆菌菌种资源描述表
描述日期： 年 月 日
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基本信息 |
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学名 |
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中文名称 |
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资源归类编码 |
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菌株保藏编号 |
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其它保藏机构编号 |
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来源历史 |
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分离人 |
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分离时间 |
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原始编号 |
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鉴定人 |
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鉴定人所在单位 |
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收藏时间 |
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原产国或地区 |
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采集地区 |
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分离基物 |
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采集地生境 |
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生物危害等级 |
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培养基 |
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培养条件 |
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培养时间 |
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模式菌株 |
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分类地位 |
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特征特性信息 |
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个体形态特征 |
形状 |
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大小 |
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排列 |
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鞭毛 |
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染色方法及结果 |
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菌毛 |
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荚膜或包膜 |
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其他形态特征 |
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培养特征
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生长培养条件 |
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菌落大小 |
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菌落形态 |
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菌落表面 |
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菌落边缘 |
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动力 |
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溶血 |
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其他培养特征 |
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肠道杆菌科细菌的共同特性 |
氧化酶 |
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触酶 |
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还原硝酸盐 |
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分解葡萄糖 产酸产气 |
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种、属 鉴别特性
其它生理 生化特性
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靛基质产生 |
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甲基红试验 |
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V-P试验 |
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枸橼酸盐试验 |
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赖氨酸脱羧酶 |
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精氨酸双水解酶 |
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鸟氨酸脱羧酶 |
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硫化氢产生 |
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尿素分解 |
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苯丙氨酸 |
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脂酶水解 |
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DNA水解酶（25℃） |
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发酵乳糖 |
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明胶水解（22℃） |
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蔗糖 |
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甘露醇 |
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卫矛醇 |
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水杨苷 |
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肌醇 |
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阿东醇 |
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山梨醇 |
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阿拉伯糖 |
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棉子糖 |
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鼠李糖 |
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麦芽糖 |
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木糖 |
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海藻糖 |
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蜜二糖 |
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ONPG试验 |
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其它 |
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抗原分型方法 |
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感染致病性或毒性 |
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抗原分型 结果 |
O |
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传播途径 |
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H |
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K |
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致病与季节关系 |
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传播方式 |
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组织嗜性 |
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所致疾病地理分布 |
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对热的抵抗力 |
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宿主致病病理变化 |
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对抗生素的敏感性 |
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对消毒剂的敏感性 |
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免疫保护性 |
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其他生理生化特征 |
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基因型信息 |
DNA 碱基组成（G+C mol% ） |
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基因序列 （GenBank注册号） |
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其他描述信息 |
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保藏方法 |
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图象信息 |
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参考文献 |
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参考文献
[1]〔美〕P.R.默里等著, 徐建国等译. 临床微生物学手册, 第七版. 北京, 科学出版社, 2005
[2] Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology (2 edition), Volume 2, Part B. Springer.
[3] 陆德源等. 医学微生物学第五版. 北京. 人民卫生出
