链霉菌属菌种资源数据标准(草稿)
起草单位:中国医学科学院医药生物技术研究所
前 言
本规范由科学技术部农村与社会发展司提出。
本规范主要起草人:中国医学科学院医药生物技术研究所 、中国农科院土壤肥料研究所、中国科学院微生物研究所、中国林科院森林保护研究所、中国药品生物制品检定所、中国兽医药品监察所、中国食品发酵工业研究所
本规程主要起草人:张月琴、余利岩、刘红宇、张华、连云阳、褚以文、戈梅、姜瑞波、顾金刚、周宇光、程池、朴春根、叶强、陈敏
引 言
链霉菌属(Streptomyces)是至今放线菌中种类最多,数量最大的一个属,已知种达500多个,广泛分布于自然界。链霉菌是一类具有重要药用价值的微生物,早期发现的抗生素绝大多数是由该属的菌种产生,如抗细菌抗生素链霉素、卡那霉素、红霉素、氯霉素、四环素、新生霉素等,抗真菌抗生素灰黄霉素以及抗肿瘤抗生素柔红霉素、丝裂霉素、平阳霉素等。70年代后,随着疾病相关分子靶标的不断揭示和筛选新模型的不断建立,从链霉菌的代谢产物中又发现了大量传统抗生素以外的药理活性物质,如酶抑制剂,免疫调节剂、受体拮抗剂等。
《链霉菌菌种资源数据标准》是在《链霉菌菌种资源描述规范》的框架下制定的。这些描述规范与数据标准的制定是规范整理、整合、保藏、评价我国现有链霉菌资源,建立统一的数据库的基础,也是促进我国微生物资源社会共享和微生物产业可持续性发展的需要。
链霉菌数据库字段描述标准
序号 |
描述符 |
字段名 |
字段英文名 |
字段 类型 |
字段 长度 |
字段 小数位 |
单 位 |
代码 |
代码英文名 |
例子 |
1 |
平台资源号 |
平台资源号 |
Accession number |
文本 |
18 |
|
|
|
|
1511C0004000000001
|
2 |
菌株保藏编号 |
菌株保藏编号 |
Catalogue accession number |
文本 |
20 |
|
|
|
|
CPCC 200145 |
3 |
菌株中文名称 |
菌株中文名称 |
Scientific name in Chinese |
文本 |
30 |
|
|
|
|
壮观链霉菌 |
4 |
学名 |
学名 |
Scientific name |
文本 |
50 |
|
|
|
|
S.spectabilis |
5 |
分类地位 |
分类地位 |
Lineage |
文本 |
225 |
|
|
|
|
|
6 |
资源归类编号 |
资源归类编号 |
Category code of resources |
数字 |
11 |
|
|
|
|
|
7 |
其它保藏机构编号 |
其它保藏机构编号 |
Accession number in other collection |
文本 |
20 |
|
|
|
|
|
8 |
来源历史 |
来源历史 |
Origin history |
文本 |
225 |
|
|
|
|
|
9 |
收藏时间 |
收藏时间 |
Collection date |
日期 |
12 |
|
|
|
|
1980-06 |
10 |
原始编号 |
原始编号 |
Original number. |
文本 |
20 |
|
|
|
|
B-88 |
11 |
原产国或地区 |
原产国或地区 |
Origin country or region |
文本 |
30 |
|
|
|
|
中国 |
12 |
模式菌株 |
模式菌株 |
Type strain |
选择 |
12 |
|
|
1、 模式 2、 非模式菌株 |
1、type strain 2、non-type strain |
2 |
13 |
主要用途 |
主要用途 |
Main field of application |
选择 |
6 |
|
|
1、 研究 2、 教学 3、 生产 4、 分类 5、分析检测 6、其它 |
1、 Research 2、 Education 3、 Production 4、 Taxonomy 5、 Assay 6、 Others |
1, 3 |
14 |
具体用途 |
具体用途 |
Specific application |
文本 |
225 |
|
|
|
|
产生大观霉素 |
15 |
保藏单位名称 |
保藏单位名称 |
Name of collection |
文本 |
50 |
|
|
|
|
药用微生物菌种保藏中心 |
16 |
保藏方法 |
保藏方法 |
Preservation methods |
文本 |
50 |
|
|
1、 液氮 2、 -80℃超低温 3、 真空干燥 4、 矿油覆盖 5、 定期移植 6、 其他 |
1、 liquid nitrogen 2、 -80℃ 3、 freeze-drying 4、 liquid paraffin 5、 time sub-culture 6、 others |
3 |
17 |
生物危害程度 |
生物危害程度 |
Risk group |
选择 |
40 |
|
|
1、 一类 2、 二类 3、 三类 4、 四类 5、不清楚 |
1、 Group I 2、 Group II 3、 Group III 4、 Group IV 5、 unknown |
4 |
18 |
分离基物 |
分离基物 |
Isolation substance |
文本 |
30 |
|
|
|
|
土壤 |
19 |
采集地区 |
采集地区 |
Collection area |
文本 |
40 |
|
|
|
|
云南省丽江县 |
20 |
采集地点 |
采集地点 |
Collection place |
文本 |
40 |
|
|
|
|
云南省丽江县丽水河 |
21 |
采集地生境 |
采集地生境 |
Sampling-habitat |
文本 |
50 |
|
|
|
|
河堤土壤 |
22 |
海拔 |
海拔 |
Altitude |
数字 |
5 |
0 |
m |
|
|
|
23 |
经度 |
经度 |
Longitude |
数字 |
6 |
0 |
|
|
|
|
24 |
纬度 |
纬度 |
Latitude |
数字 |
5 |
0 |
|
|
|
|
25 |
分离人 |
分离人 |
Isolator |
文本 |
20 |
|
|
|
|
|
26 |
分离时间 |
分离时间 |
Isolator Date |
日期 |
10 |
|
|
|
|
|
27 |
鉴定人 |
鉴定人 |
Identifier |
文本 |
12 |
|
|
|
|
余其伟 |
28 |
鉴定单位 |
鉴定单位 |
Identification institution |
文本 |
50 |
|
|
|
|
医药生物技术研究所 |
29 |
斜面培养基编号 |
斜面培养基编号 |
Slant medium No.. |
文本 |
6 |
0 |
|
|
|
CM0012 |
30 |
培养温度 |
培养温度 |
Incubation temperature |
数字 |
3 |
0 |
℃ |
|
|
28℃ |
28 |
形态描述培养基编号 |
形态描述培养基编号 |
Medium No. for morphology |
数字 |
6 |
0 |
|
|
|
CM0012 |
29 |
菌落大小 |
菌落大小 |
Colony size |
数字 |
4 |
0 |
mm |
|
|
5mm |
30 |
菌落表面状况 |
菌落表面状况 |
Surface character of clone |
文本 |
10 |
|
|
1、 光滑 2、皱褶 3、丛毛状; 4、粉状 5、绒毛状 6、颗粒状 |
1、 Smooth 2、 Wrinkled 3、 Floccose 4、 Powdery 5、 Velvety 6、 Granular |
2 |
31 |
菌落颜色 |
菌落颜色 |
Colony color |
文本 |
10 |
|
|
1、白色 2、黄色 3、灰绿 4、粉红 5、淡紫 6、青色 7、烬灰 8、绿色 9、蓝色 10、灰红紫 11、灰褐 12、金色 13、黑色 |
1、 White 2、 Yellow 3、 Green-ash 4、 Pink 5、 Light purple 6、 Cyan 7、 Ashes 8、 Green 9、 Blue 10、Red 11、Brown 12、Gold 13、Black |
2 |
32 |
气生菌丝 |
气生菌丝体 |
Aerial mycelium |
文本 |
4 |
|
|
1、 有 2、 无 |
1、 present 2、absent |
|
33 |
气生菌丝直径 |
气生菌丝直径 |
diameter of aerial mycelium |
数字 |
|
|
μm |
|
|
|
34 |
基内菌丝直径 |
基内菌丝体直径 |
diameter of substrate mycelium |
数字 |
|
|
μm |
|
|
1 |
35 |
基内菌丝颜色 |
基内菌丝体颜色 |
Pigmentation of substrate mycelium (colony reverse) |
文本 |
10 |
|
|
1、无色 2、红/橙 3、绿色 4、兰色 5、紫色 |
1、no colour 2、red/orange 3、green 4、blue 5、violet |
2 |
36 |
可溶性色素 |
可溶性色素 |
Soluble pigment |
文本 |
10 |
|
|
1、无 2、红/橙3、黄/褐 4、绿色5、兰色6、紫色 |
1、 no colour 2、 red/orange 3、 yellow/brown 4、 green 5、blue 6、 violrt |
1 |
37 |
孢子丝的形态 |
孢子丝的形态 |
Spore chain morphology |
文本 |
10 |
|
|
1、 波曲, 2、 直形, 3、 螺旋状 4、 轮枝状 |
1、 Rectiflexibiles 2、 Retinaculiaperti 3、 Spirales 4、 Verticillati |
3 |
38 |
孢子丝链的长短(孢子数) |
孢子丝链的长短(孢子数) |
Length of Spore chain (spore number ) |
文本 |
10 |
|
|
1长链 1、 短链 |
1、 long chain 2、 short chain |
1 |
39 |
孢子堆的颜色 |
孢子堆的颜色 |
Color of spore mass |
文本 |
10 |
|
|
1、白色 2、黄色 3、灰绿 4、粉红 5、淡紫 6、青色 7、烬灰 8、绿色 9、蓝色 10、红色 11、褐色 12、金色 13、黑色 |
1、white 2、yellow 3、green-ash 4、pink 5、light purple 6、cyan 7、ashes 8、green 9、blue 10、red 11、brown 12、gold 13、black |
1 |
40 |
孢子形状 |
孢子形状 |
Spore form |
文本 |
20 |
|
|
1:圆形2:椭圆形3:杆状4:柱状 |
1、roundness, 2、ovel 3、pole 4、column |
2 |
41 |
孢子表面特征 |
孢子表面特征 |
Spore features ornamentation |
文本 |
10 |
|
|
1、光滑 2、疣状3、刺状4、毛发状 5、皱褶 |
1、smooth 2、warty 3、 spiny 4、hairy 5、rugose |
1 |
42 |
孢子大小 |
孢子大小 |
Size of spores |
数字 |
7 |
1 |
μm |
|
|
|
43 |
培养基1名称 |
培养基1名称 |
Medium I |
文本 |
50 |
|
|
|
|
ISP2 |
44 |
在培养基I上的基丝颜色 |
在培养基I上的基丝颜色 |
color of substrate mycelium on medium I |
文本 |
10 |
|
|
1、白色 2、黄色 3、灰绿 4、粉红 5、淡紫 6、青色 7、烬灰 8、绿色 9、蓝色 10、红色 11、褐色 12、金色 13、黑色 |
1、white 2、yellow 3、green-ash 4、pink 5、light purple 6、cyan 7、ashes 8、green 9、blue 10、red 11、brown 12、gold 13、black |
2 |
45 |
在培养基I上的孢子堆颜色 |
在培养基I上的孢子堆颜色 |
Color of spore mass on medium I
|
文本 |
20 |
|
|
1、白色 2、黄色 3、灰绿 4、粉红 5、淡紫 6、青色 7、烬灰 8、绿色 9、蓝色 10、红色 11、褐色 12、金色 13、黑色 |
1、white 2、yellow 3、green-ash 4、pink 5、light purple 6、cyan 7、ashes 8、green 9、blue 10、red 11、brown 12、gold 13、black |
1 |
46 |
在培养基I上可溶性色素 |
在培养基I上可溶性色素 |
Soluble pigment on medium I |
文本 |
10 |
|
|
1、白色 2、黄色 3、灰绿 4、粉红 5、淡紫 6、青色 7、烬灰 8、绿色 9、蓝色 10、红色 11、褐色 12、金色 13、黑色 |
1、white 2、yellow 3、green-ash 4、pink 5、light purple 6、cyan 7、ashes 8、green 9、blue 10、red 11、brown 12、gold 13、black |
1 |
47 |
培养基II名称 |
培养基II名称 |
Medium II |
文本 |
50 |
|
|
|
|
ISP3 |
48 |
在培养基II上的基丝颜色 |
在培养基II上的基丝颜色 |
Color of substrate mycelium on medium II |
文本 |
10 |
|
|
1、白色 2、黄色 3、灰绿 4、粉红 5、淡紫 6、青色 7、烬灰 8、绿色 9、蓝色 10、红色 11、褐色 12、金色 13、黑色 |
1、white 2、yellow 3、green-ash 4、pink 5、light purple 6、cyan 7、ashes 8、green 9、blue 10、red 11、brown 12、gold 13、black |
2 |
49 |
在培养基II上的孢子堆颜色 |
在培养基II上的孢子堆颜色 |
Color of spore mass on medium II |
文本 |
10 |
|
|
1、白色 2、黄色 3、灰绿 4、粉红 5、淡紫 6、青色 7、烬灰 8、绿色 9、蓝色 10、红色 11、褐色 12、金色 13、黑色 |
1、white 2、yellow 3、green-ash 4、pink 5、light purple 6、cyan 7、ashes 8、green 9、blue 10、red 11、brown 12、gold 13、black |
2 |
50 |
在培养基II上可溶性色素 |
在培养基II上可溶性色素 |
Soluble pigment on medium II |
文本 |
10 |
|
|
1、白色 2、黄色 3、灰绿 4、粉红 5、淡紫 6、青色 7、烬灰 8、绿色 9、蓝色 10、红色 11、褐色 12、金色 13、黑色 |
1、white 2、yellow 3、green-ash 4、pink 5、light purple 6、cyan 7、ashes 8、green 9、blue 10、red 11、brown 12、gold 13、black |
1 |
51 |
培养基III名称 |
培养基III名称 |
Medium III |
文本 |
50 |
|
|
|
|
ISP4 |
52 |
在培养基III上的基丝颜色 |
在培养基III上的基丝颜色 |
Color of substrate mycelium on medium III |
文本 |
10 |
|
|
1、白色 2、黄色 3、灰绿 4、粉红 5、淡紫 6、青色 7、烬灰 8、绿色 9、蓝色 10、红色 11、褐色 12、金色 13、黑色 |
1、white 2、yellow 3、green-ash 4、pink 5、light purple 6、cyan 7、ashes 8、green 9、blue 10、red 11、brown 12、gold 13、black |
2 |
53 |
在培养基III上的孢子堆颜色 |
在培养基III上的孢子堆颜色 |
Color of spore mass on medium III |
文本 |
10 |
|
|
1、白色 2、黄色 3、灰绿 4、粉红 5、淡紫 6、青色 7、烬灰 8、绿色 9、蓝色 10、红色 11、褐色 12、金色 13、黑色 |
1、white 2、yellow 3、green-ash 4、pink 5、light purple 6、cyan 7、ashes 8、green 9、blue 10、red 11、brown 12、gold 13、black |
1 |
54 |
在培养基III上可溶性色素 |
在培养基III上可溶性色素 |
Soluble pigment on medium III |
文本 |
10 |
|
|
1、白色 2、黄色 3、灰绿 4、粉红 5、淡紫 6、青色 7、烬灰 8、绿色 9、蓝色 10、红色 11、褐色 12、金色 13、黑色 |
1、white 2、yellow 3、green-ash 4、pink 5、light purple 6、cyan 7、ashes 8、green 9、blue 10、red 11、brown 12、gold 13、black |
1 |
55 |
碳源利用 |
碳源利用 |
Use of carbon sources(1%,w/v)
|
文本 |
10 |
|
|
1、L-阿拉伯糖2、蔗糖3、D-木糖4、meso-肌糖5、D-甘露醇6、L-果糖7、L-鼠李糖8、棉子糖9、甘露糖 10、D-半乳糖 11、D- 乳糖12、海藻糖13、右旋糖苷 |
1、L-arabinose 1、 sucrose 2、 D-xylose 3、 meso-Inositol 4、 mannitol 5、 D-Fructose 6、 L-Rhamnose 7、 Raffinose 8、 D-mannose 10、D-galactose 11、D-lactose 12、Trehalose 13、Dextran
|
3、4、5、6、8 |
56 |
氮源利用 |
氮源利用 |
Use of nitrogen sources(0.1%,w/v) |
文本 |
10 |
|
|
1、DL –α-氨基丁酸2、硝酸钾3、L-半胱氨酸4、L-缬氨酸5、L-苏氨酸6、L-丝氨酸 7、L-苯丙氨酸8、L-组氨酸9、L-精氨酸10、甲硫氨酸 11、L-羟基脯氨酸 |
1、 DL–α-Amino-n-butyric acid 2、 Potassium nitrate 3、 L-Cysteine 4、 L-Valine 5、 L-Threonine 6、 L-Serine 7、 L-Phenylalanin 8、 L-Methionine 9、 L-Histidine 10、 L-Arginine 11、 L-Hydroxyproline |
|
57 |
特殊生长因子 |
|
Special growth factors |
文本 |
50 |
|
|
|
|
|
58 |
最适生长温度 |
|
Optimum temperature for growth |
数字 |
10 |
0 |
℃ |
|
|
28℃ |
59 |
温度范围 |
|
Range of temperature |
数字 |
20 |
0 |
℃ |
|
|
|
60 |
最适生长pH |
|
Optimum pH |
数字 |
10 |
1 |
|
|
|
7.3 |
61 |
pH范围 |
|
Range of pH |
数字 |
20 |
0 |
|
|
|
|
62 |
致病性 |
致病性 |
Pathogenicity |
文本 |
30 |
|
|
|
|
|
63 |
对盐浓度的耐受性或嗜盐性 |
对盐浓度的耐受性或嗜盐性 |
Salinity tolerance or halophilism |
|
|
|
|
|
|
|
64 |
对抗生素耐药性 |
对抗生素敏感性 |
Resistance to antiboitics |
μg/ml |
50 |
|
|
1、庆大霉素(100) 2、新霉素(50) 3、链霉素(100) 4、托布霉素(50) 5、利福霉素(50)6、万古霉素(50)7、头孢菌素(100)8、青霉素G(10i.u) |
|
|
65 |
其他生理生化特征 |
其他生理生化特征 |
Other physiological features |
文本 |
100 |
|
|
1、明胶液化 2、牛奶凝固 3、硝酸盐还原4、硫化氢产生 5、黑色素产生 |
1、gelatin decompo- sed 2、milk digestion 3、nitrate reduction 4、 H2S producing 5、Melanin produ- cing |
2 |
66 |
细胞壁型 |
细胞壁型 |
wall chemotype |
文本 |
50 |
|
|
胞壁I型 |
wall chemotype I |
I |
67 |
细胞壁DAP型 |
细胞壁DAP型 |
DAP type |
文本 |
20 |
|
|
DAP L型 |
LL-DAP |
LL-DAP |
68 |
细胞特征性糖 |
细胞特征性糖 |
Diagnostic sugar |
文本 |
20 |
|
|
1、无2、阿拉伯糖3、半乳糖4、木糖 |
1、no Diagnostic sugar 2、arabinose 3、galactose 4、xylose |
|
69 |
磷酸类脂 |
磷酸类脂 |
Phospholipids type |
文本 |
50 |
|
|
磷酸类脂II型 |
Phospholipids typeII |
|
70 |
优势醌 |
优势醌 |
Predominant MK |
文本 |
50 |
|
|
甲基萘醌 |
MK-9(H6,H8) |
|
71 |
特征性脂肪酸 |
特征性脂肪酸 |
Characteristic fatty acid |
文本 |
|
|
|
1、饱和直链脂肪酸2、iso-/anteiso-分枝脂肪酸3、不饱和脂肪酸4、10-甲基分枝脂肪酸 |
|
|
72 |
DNA 碱基组成(G+C mol% ) |
DNA 碱基组成(G+C mol% ) |
mol% G+C of DNA |
数字 |
10 |
0 |
mol% |
|
|
70 |
73 |
16S rRNA基因序 列(GenBank注册号) |
16S rRNA基因序列(GenBank注册号) |
GenBank No. |
数字 |
10 |
|
|
|
|
AY921652 |
74 |
质粒/基因元件 |
质粒/基因元件 |
Plasmids/gene element |
文本 |
50 |
|
|
|
|
|
75 |
主要代谢产物 |
主要代谢产物 |
Main metabolites |
文本 |
50 |
|
|
|
|
大观霉素 |
76 |
图像信息 |
图像信息 |
Image |
数字/链接 |
|
|
|
图像库 |
|
|
77 |
文献信息 |
文献信息 |
References |
数字/链接 |
|
|
|
文献库 |
|
|
78 |
数据源主键 |
数据源主键 |
Data key |
文本 |
|
|
|
|
|
|
参考文献
[1] Williams S.T., Sharpe M.E., Holt J.G. Bergey,s Manual of Systematic Bacteriology
Williams & Wilkins, London, 1989
[2] Williams S.T., Goodfellow M., Alderson G., Welliams E.M.H., et.al Numerical Classification of Streptomyces and Related Genera Journal of General Microbiology 1983,129.1743-1513
[3] Hasagawa T, Takizawa M,Tanida S. A rapid analysis for chemical grouping of aerobic actinomycetes. J Gen Appl Microbiol,1983,29:319-322.
[4] Lechevalier,M.P.and Lechevalier,H.A. The chemotaxonomy of Actinomycetes. In Actinomycete taxonomy 1980.pp.227-291.Edited by Dietz & Thayer. Society for Industrial Microbiology.Arlington,Va.
[5] Collins,M.D.1985.Isoprenoid quinone analysis in bacterial classification and identification.In Chemical methods in Bacterial systematics,pp.267-287.Edited by M.Goodfelliw & D.E.Minnikin.Academic Press.
[6]阮继生 刘志恒 梁丽糯 杨德成编著 <放线菌研究及应用> p80-168,科学出版社 1990年 北京