链霉菌属菌种资源数据质量控制规范(草稿)
起草单位:中国医学科学院医药生物技术研究所
前 言
本规范由国家自然科技资源平台建设项目提出。
本规范起草单位: 中国医学科学院医药生物技术研究所 、中国农科院土壤肥料研究所、中国科学院微生物研究所、中国林科院森林保护研究所、中国药品生物制品检定所、中国兽医药品监察所、中国食品发酵工业研究所
本规程主要起草人:张月琴、余利岩,刘红宇,黄明玉,连云阳、张华、褚以文、戈梅、姜瑞波、顾金刚、周宇光、朴春根、叶强、陈敏、程池等
引 言
链霉菌属(Streptomyces)是至今放线菌中种类最多,数量最大的一个属,已知种达500多个,广泛分布于自然界。链霉菌是一类具有重要药用价值的微生物。
链霉菌为G+细菌,在分类学上属于细菌域, 放线细菌门、放线细菌纲、放线菌目。链霉菌具有发育良好的基内菌丝和气生菌丝,孢子丝由气生菌丝分化而成。 对链霉菌的描述包括:个体形态特征;培养特征;生理生化特性;细胞化学组分,基因信息,图像信息等。
本规范的制定是为了规范链霉菌菌种资源描述数据的采集过程,提高数据质量,以利于构建统一的微生物菌种资源数据库,促进链霉菌菌种资源的收集、整理、保藏、评价研究和共享。
链霉菌菌种资源描述数据质量控制规范
1、范围
本规范规定了链霉菌属菌种资源描述数据采集过程中的质量控制内容与方法。
本规范适用于链霉菌属菌种资源的整理、整合和共享。
2、规范性引用文件
下列文件中的条款通过本规范的引用而成为本规范的条款。凡是注日期的引用文件,其随后所有的修改单(不包括勘误的内容)或修订版均不适用于本规范,然而,鼓励根据本标准达成协议的各方研究是否可使用这些文件的最新版本。凡是不注日期的引用文件,其最新版本适用于本规范。
ISO 3166 Codes for the Repreesentation of Names of Countries
GB/T 2659 世界各国和地区名称代码
GB/T 2260 中华人民共和国行政区划代码
GB 19489 实验室生物安全通用要求
国务院令第424号《病原微生物实验室安全管理条例》
科技部自然科技资源平台联合管理办公室文件《自然科技资源共性描述规范》
科技部自然科技资源平台联合管理办公室文件《微生物菌种资源共性描述规范》
科技部自然科技资源平台联合管理办公室文件《微生物菌种资源分类编码体系》
科技部自然科技资源平台联合管理办公室文件《微生物菌种资源采集环境描述规范》
3、基本信息
3.1 平台资源号
国家自然科技资源e-平台统一生成的资源编号,平台资源号长度为18位,是由国家自然科技资源E-平台统一生成的资源编号(参见《微生物资源共性描述规范》)。编号规则为:微生物菌种资源分类编号(15)+ 单位所在区域编号(2位)+ 资源单位性质代码(P或C分别代表资源提供者是法人实体或自然人)+ 资源保藏单位/人序号(4位,由国家自然科技资源平台管理联合办公室统一给出)+ 9位(由各子项目牵头单位规定)。
如1511C0004000000001,其中“15”代表微生物,“11”代表北京,“C”代表法人实体,“0001”为中国药用微生物菌种保藏管理中心确定的菌种编号。
3.2 菌株保藏编号
指该菌株在保藏机构的保藏编号,保藏编号由前缀和菌株编号两部分组成,前缀为保藏机构的英文名缩写,前缀和菌株编号之间留半角空格。如“CPCC 200579”,其中“CPCC”为“中国药用微生物菌种保藏管理中心”的英文缩写;“200579”是该菌株在“中国药用微生物菌种保藏管理中心”的编号;“CPCC”和 “200579”之间有一半角空格。
3.3 菌株中文名称
指该菌株的中文名称(如有别名或多个中文名称,应在括弧中注明,用逗号分开)。尚无中文译名时,填写“暂无”。
3.4学名
指该菌株的完整的科学名称,由拉丁属名、种名加词及定名人组成。对于未鉴定到种的,种名加词以“sp.”表示。如Streptomyces sp.(链霉菌属菌种),对于未鉴定的菌株,以”unidentified sp.” (未鉴定菌种)。
3.5 其他保藏单位编号
指该菌株在其他菌种保藏机构的保藏编号,由“=”开头,如编号不止一个时,中间用“=”连接。
3.6 来源历史
指该菌株的来源,即该菌株在收藏单位之间的转移情况。如经过多个保藏机构的转移,应按该菌株的转移次序,用左指向箭头“←”以次连接。如CPCC←DSMZ←ATCC
3.7 收藏时间
指保藏机构最初收藏该菌株的时间。格式为YYYYMMDD,其中,YYYY为年,MM为月,DD为日。如1960年12月15日
3.8 原始编号
指该菌株的最初的分离编号
3.9 原产国或地区
指该菌株分离基物采集地所在国家、地区名称或国际组织名称。国家和地区名称参照ISO 3166和GB/T 2659。如该国家已不存在,应在原国家名称前加“原”,如“原苏联”。国际组织名称用该组织的外文名缩写,如“IPGRT”。
3.10 鉴定人
指鉴定该菌株的人员姓名
3.11 鉴定单位
指该菌株的鉴定人所在的单位。
3.12 资源归类编码
指该菌株在国家自然科技资源平台的资源归类编码,参见《微生物菌种资源分类编码体系》。
3.13 模式菌株
指该菌株是否为模式菌株,1、是;2、不是
3.14 主要用途
指该菌株的主要用途,分为:1、研究;2、教学;3、生产;4、分类;5、分析检测;6、其他
3.15 保藏单位名称
指保藏该菌株的机构全称
3.16 保藏方法
指保藏该菌株所采用的方法,分为:1、液氮超低温法 2、-80℃低温冻结法 3、真空冷冻干燥法 4、矿油覆盖法 5、定期移植法 6、其它
3.17 生物危害等级
指该菌株的生物危害等级,参见国务院令第424号《病原微生物实验室生物安全管理条例》,分为四类:1、一类 2、二类 3、三类 4、四类
3.18 分离基物
指该菌株分离基物的具体名称
3.19 采集地区
指该菌株分离基物采集地的行政区划,详细到县。国家、地区和国际组织名称同3.10,省和县名称参照GB/T 2260。
3.20 采集地点
指该菌株分离基物采集的具体地点
3.21 采集地生境
指该菌株分离基物采集地点的生态环境,参照《微生物菌种资源采集环境描述规范》
3.22 海拔
指该菌株分离基物采集地点的海拔高度。单位为m
3.23 经度
指该菌株分离基物采集地点的经度,单位为度和分。格式为DDDFF,其中DDD为度,FF为分。东经为正值,西经为负值,例如,“12125”代表东经121º25′,“-10216”代表西经102º16′。
3.24 纬度
指该菌株分离基物采集地点的纬度,单位为度和分。格式为DDFF,其中DD为度,FF为分。北纬为正值,南纬为负值,例如,“3028”代表北纬30º28′,“-2645”代表南纬26 º45′。
3.25 斜面培养基编号
指该菌株最适宜的培养基的统一编号,参见国家自然科技资源平台制定的统一的培养基编号。
3.26 培养温度
指该菌株最适宜的培养温度,单位为℃,精确到1℃
4 特征特性信息
4.1 形态特征
4.1.1 形态描述培养基
指描述该菌株的形态特征所用的培养基,一般应采用ISP4培养基,如选用其它的,应给出培养基的统一编号,如没有统一编号,必须提供培养基的名称及配方,若为商品培养基,应指明生产厂家及批号。
4.1.2 菌落大小
指该菌株经上述的培养基上28℃培养14天(嗜热菌株45℃,3天)后,测量其菌落的大小,单位为mm,精确到0.1mm。
4.1.3 菌落表面状况
指该菌株经上述的培养条件(培养温度及培养时间)培养后,其菌落的表面状况:分为:1、光滑;2、皱折;3、丛毛状;4、粉状;5、绒毛状;6、颗粒状
4.1.4 菌落颜色
指该菌株经上述的培养条件(培养温度及培养时间)培养后,其菌落的正面颜色,主要色调分为:1、白色;2、黄色;3、灰绿;4、粉红;5、淡紫;6、青色;7、烬灰色;8、绿色;9、蓝色;10、灰红色;11、灰褐色;12、金色。如有条件,应该与标准色谱进行比较,按照最大相似原则,给出精确的色号。(如采用日本财团法人规格协会的光沢版,JISZ8721标准色谱)
4.1.5 气生菌丝有无
指在上述培养条件下,目测该菌株有无气生菌丝产生:1、有气生菌丝2、无气生菌丝
4.1.6 气生菌丝的直径
指在上述的培养条件下,经培养,该菌株产生的气生菌丝的直径大小,采用扫描电子显微镜观察并测量气生菌丝直径的平均值,单位为μm,精确到0.1μm。
4.1.10 基内菌丝的直径
指在上述的培养条件下,经培养,该菌株产生的基内菌丝的直径大小,采用扫描电子显微镜观察并测量基内菌丝直径的平均值,单位为μm,精确到0.1μm
4.1.11 基内菌丝颜色
指在上述的培养条件下产生的基内菌丝的颜色。主要色调分为:1、无色;2、红/橙色;3、绿色;4、蓝色;5、紫色。如有条件,应该与标准色谱进行比较,按照最大相似原则,给出精确的色号。(如采用日本财团法人规格协会的光沢版,JISZ8721标准色谱)
4.1.12 可溶性色素
指该菌株在ISP5培养基上28℃培养14天(嗜热菌株45℃,3天)后,目测是否有渗透到培养基中的色素,主要色调分为:1、无色;2、红/橙色;3、黄/褐色;4、绿色;5、蓝色;6、紫色。如有条件,应该与标准色谱进行比较,按照最大相似原则,给出精确的色号。(如采用日本财团法人规格协会的光沢版,JISZ8721标准色谱)
4.1.13 孢子丝形态
指在形态观察培养基上28℃培养14天(嗜热菌株45℃,3天)后,采用光学显微镜或扫描电镜观察到的孢子丝形态,分为:1、波曲状;2、直形;3、螺旋状;4、轮枝状
4.1.14 孢子堆的颜色
指在形态观察培养基上28℃培养14天(嗜热菌株45℃,3天)后,目测到的孢子堆的颜色,主要色调分为:1、无色;2、黄色;3、灰色;4、绿色;5、蓝色;6、紫色;7、白色,如有条件,应该与标准色谱进行比较,按照最大相似原则,给出精确的色号。(如采用日本财团法人规格协会的光沢版,JISZ8721标准色谱)
4.1.15 孢子形状
指该菌株在上述的培养条件下培养14天后, 采用扫描电子显微镜或透射电子显微镜观察到的孢子的形状,分为1、圆形;2、椭圆形;3、杆状;3、拄状
4.1.6 孢子表面特征
指该菌株在上述的培养条件下培养14天后,采用扫描电子显微镜或透射电子显微镜观察到的孢子的表面特征,分为1、光滑2、疣状3、刺状 4、毛发状 5、皱褶
4.1.17 孢子大小
指该菌株在上述的培养条件下培养14天后, 采用扫描电子显微镜或透射电子显微镜观察到的孢子的大小。单位为μm,精确到0.1μm。
4.2 培养特征
4.2.1培养基1
给出描述该菌株培养特征所用的培养基1的统一编号,如没有统一编号,必须提供培养基的名称及配方,若为商品培养基,应指明生产厂家及批号。
4.2.2 培养基1上基丝颜色
指在培养基1上28℃培养14天(嗜热菌株45℃,3天)后,目测基内菌丝的颜色,主要色调分为:1、无色;2、红/橙色;3、绿色;4、蓝色;5、紫色。如有条件,应该与标准色谱进行比较,按照最大相似原则,给出精确的色号。(如采用日本财团法人规格协会的光沢版,JISZ8721标准色谱)
4.2.3 培养基1上孢子堆的颜色
指在培养特征培养基1上28℃培养14天(嗜热菌株45℃,3天)后,目测到的孢子堆的颜色,主要色调分为:1、无色;2、黄色;3、灰色;4、绿色;5、蓝色;6、紫色;7、白色,如有条件,应该与标准色谱进行比较,按照最大相似原则,给出精确的色号。(如采用日本财团法人规格协会的光沢版,JISZ8721标准色谱)
4.2.4 培养基1上可溶性色素
指在培养基1上28℃培养14天(嗜热菌株45℃,3天)后,目测是否有渗透到培养基中的色素,主要色调分为:1、无色;2、红/橙色;3、黄/褐色;4、绿色;5、蓝色;6、紫色。如有条件,应该与标准色谱进行比较,按照最大相似原则,给出精确的色号。(如采用日本财团法人规格协会的光沢版,JISZ8721标准色谱)
4.2.5 培养基2
给出描述该菌株培养特征所用的培养基2的统一编号,如没有统一编号,必须提供培养基的名称及配方,若为商品培养基,应指明生产厂家及批号。
4.2.6 培养基2上基丝颜色
指在培养特征培养基2上28℃培养14天(嗜热菌株45℃,3天)后,目测基内菌丝的颜色,主要色调分为:1、无色;2、红/橙色;3、绿色;4、蓝色;5、紫色。如有条件,应该与标准色谱进行比较,按照最大相似原则,给出精确的色号。(如采用日本财团法人规格协会的光沢版,JISZ8721标准色谱)
4.2.7 培养基2上孢子堆的颜色
指在培养特征培养基2上28℃培养14天(嗜热菌株45℃,3天)后,目测到的孢子堆的颜色,主要色调分为:1、无色;2、黄色;3、灰色;4、绿色;5、蓝色;6、紫色;7、白色,如有条件,应该与标准色谱进行比较,按照最大相似原则,给出精确的色号。(如采用日本财团法人规格协会的光沢版,JISZ8721标准色谱)
4.2.8 培养基2上可溶性色素
指在培养基2上28℃培养14天(嗜热菌株45℃,3天)后,目测是否有渗透到培养基中的色素,主要色调分为:1、无色;2、红/橙色;3、黄/褐色;4、绿色;5、蓝色;6、紫色。如有条件,应该与标准色谱进行比较,按照最大相似原则,给出精确的色号。(如采用日本财团法人规格协会的光沢版,JISZ8721标准色谱)
4.2.9 培养基3
给出描述该菌株培养特征所用的培养基3的统一编号,如没有统一编号,必须提供培养基的名称及配方,若为商品培养基,应指明生产厂家及批号。
4.2.10 培养基3上基丝颜色
指在培养特征培养基3上28℃培养14天(嗜热菌株45℃,3天)后,目测基内菌丝的颜色,主要色调分为:1、无色;2、红/橙色;3、绿色;4、蓝色;5、紫色。如有条件,应该与标准色谱进行比较,按照最大相似原则,给出精确的色号。(如采用日本财团法人规格协会的光沢版,JISZ8721标准色谱)
4.2.11 培养基3上孢子堆的颜色
指在培养特征培养基3上28℃培养14天(嗜热菌株45℃,3天)后,目测到的孢子堆的颜色,主要色调分为:1、无色;2、黄色;3、灰色;4、绿色;5、蓝色;6、紫色;7、白色,如有条件,应该与标准色谱进行比较,按照最大相似原则,给出精确的色号。(如采用日本财团法人规格协会的光沢版,JISZ8721标准色谱)
4.2.12 培养基3 上可溶性色素
指在培养基3上28℃培养14天(嗜热菌株45℃,3天)后,目测是否有渗透到培养基中的色素,主要色调分为:1、无色;2、红/橙色;3、黄/褐色;4、绿色;5、蓝色;6、紫色。如有条件,应该与标准色谱进行比较,按照最大相似原则,给出精确的色号。(如采用日本财团法人规格协会的光沢版,JISZ8721标准色谱)
4.3 生理生化特性
4.3.1 碳源利用
检测该菌株的碳源利用的方法是:在ISP9(Difco)培养基上分别加1%(w/v)浓度的各种碳源,所用的碳源分别单独称取,单独灭菌(121℃,5分钟)。将相同的菌量(将接种物用生理盐水制备成孢子悬液)分别接种于含不同碳源的平板或斜面培养基上,空白对照为不含碳源的基础培养基。28℃培养7天,14天,21天(嗜热菌株45℃培养3天,7天,14天)后,观察菌株生长情况。较空白对照生长好的为利用,反之,较空白对照生长差的为不利用。记录结果为: 1、利用;2、不利用。所测碳源为:
1、L-阿拉伯糖;2、蔗糖;3、D-木糖;4、meso-肌醇 ;5、D-甘露醇;6、L-果糖;
7、L-鼠李糖;8、棉子糖;9、甘露糖;10、D-半乳糖 ;11、D- 乳糖;12、海藻糖13、右旋糖苷
4.3.2 氮源利用
检测该菌株的碳源利用的方法是:在基础培养基(1%葡萄糖;0.05%MgSO4.7H2O;0.05% NaCl;0.001%FeSO4.7H2O; K2HPO40.1%;1.2%Bacto-agar(Difco);pH7.4)上加0.1%(w/v)的各种氮源, 28℃培养15天(嗜热菌株45℃培养6天),阳性对照是基础培养基中加天门冬素或脯氨酸,阴性对照是基础培养基,记录结果为: 1、利用;2、不利用。所测氮源为:
1、DL –α-氨基丁酸2、硝酸钾3、L-半胱氨酸4、L-缬氨酸5、L-苏氨酸6、L-丝氨酸 7、L-苯丙氨酸8、L-组氨酸9、L-精氨酸10、甲硫氨酸 11、L-羟基脯氨酸
4.3.3 特殊生长因子
指该菌株的生长所需的特殊生长因子。
4.3.4 最适生长温度
将菌株接种于MBA培养基(修改的Bennett’s培养基)上,于25℃,37℃,45℃下培养,分别于7天、14天时取出观察并记录生长情况,培养结束后,确定其最适宜的生长温度,单位为℃,精确到1℃。
4.3.5 生长温度范围
将菌种接种于MBA培养基(改良的Bennett’s培养基)上,置于不同温度的恒温培养箱中,分别于7天、14天时取出观察并记录生长情况,培养结束后,确定其最低及最高的生长温度。单位为℃,精确到1℃。
4.3.6 最适生长pH
不同pH 的MBA培养基(修改的Bennett’s培养基)消毒后用HCl溶液和NaOH溶液准确无菌操作调节pH值,将该菌株接种在不同pH的最适斜面培养基上,在最适生长温度下培养,分别于7天、14天时取出观察并记录生长情况,确定其生长最佳的pH值即为该菌株的最适生长pH值,精确到1。
4.3.7 pH范围
不同pH 的MBA培养基(修改的Bennett’s培养基)消毒后用HCl溶液和NaOH溶液准确无菌操作调节pH值,将该菌株接种在不同pH的最适斜面培养基上,在最适生长温度下培养,分别于7、14天时取出观察并记录生长情况,确定其不生长的最低及最高的pH值即为该菌株的生长pH范围,精确到1。
4.3.8 对盐的耐受性
在MBA培养基(修改的Bennett’s培养基) 中,分别加入不同浓度的NaCl,接种后于该菌株的最适生长温度下培养,分别于7天、14天时取出观察并记录生长情况,确定其不生长的最高的NaCl浓度即为该菌株对NaCl浓度的最大耐受量,单位为%,精确到1%。
4.3.9 对抗生素的敏感性 μg/ml
采用抗生素纸片法测定该菌株对抗生素的敏感性,将该菌株的孢子悬液接种MBA培养基(修改的Bennett’s培养基,Jones 1949)平板上,然后放上各抗生素纸片,孵育后,于1,2,3,7天记录结果。各抗生素的浓度分别为μg/ml:1、庆大霉素(100μg/ml) 2、新霉素(50μg/ml) 3、链霉素(100μg/m) 4、托布霉素(50μg/m) 5、利福霉素(50μg/m)6、万古霉素(50μg/ml)7、头孢菌素(100μg/ml)8、青霉素G(10i.u)
4.3.10 其他生理生化特性
4.3.10.1明胶液化
配制明胶培养基(其配方为:蛋白胨 0.5g,葡萄糖2.0g,明胶 12.0g,蒸馏水 100ml,pH7.0-7.4,121℃,15分钟灭菌),将菌种接种于明胶培养基上,置于该菌株的最适生长温度的培养箱中,分别于3、7、10、15、20天观察明胶液化情况。结果:1、液化2、不液化
4.3.10.2 牛奶胨化
配制牛奶培养基(其配方为:脱脂奶粉 10~12%,121℃,5分钟灭菌),将菌种接种于牛奶培养基上,置于该菌株的最适生长温度的培养箱中,分别于3、7、10、15、20天观察牛奶胨化情况。结果:1、凝固 2、胨化
4.3.10.3 硝酸盐还原
将菌株接种于含有硝酸盐的琼脂培养基上,如高氏一号琼脂、Czapek′s agar等,将其置于最适宜的温度下培养,分别于7、15、20天时取出,测定硝酸盐还原情况。结果:1、
还原 2、不还原
硝酸盐还原的测定方法:
1)NO2ˉ测定
a-萘胺试剂:称a-萘胺0.15克加入蒸馏水35ml煮沸后过滤,取无色溶液除去紫色渣滓,然后加入15ml冰醋酸,混匀后,置于50ml溶剂瓶中,待用。
对氨基苯磺酸试剂:取冰醋酸15ml加蒸馏水35ml置干烧杯中,加0.5克对氨基苯磺酸,微热溶化后装50ml 溶剂瓶中,用时稍加热。
测定:a-萘胺试剂和对氨基苯磺酸试剂各点一滴与被测物上,若被测物变红,则有NO2ˉ,不变色,则无NO2ˉ。
2)NO3ˉ测定
二苯胺试剂:称二苯胺0.5克,溶于50ml浓硫酸中,装于50ml试剂瓶中待用。
测定:点一滴二苯胺试剂于被测物上,若变蓝,则含有NO3ˉ,若不变色,则不含
NO3ˉ。
测定时,若既不变红,也不变蓝,则说明NO3ˉ已被全部利用。
4.3.10.4 硫化氢产生
配制ISP6培养基,将菌种接种于ISP6培养基上,置于该菌株的最适生长温度的培养箱中,分别于3、7、10、15、20天观察培养基是否变黑色,若变黑,说明有硫化氢产生,不变黑,则无硫化氢产生。结果:1、产生;2、不产生
4.4.3.10.5 黑色素产生
配制ISP7培养基,将菌种接种于ISP7培养基上,置于该菌株的最适生长温度的培养箱中,分别于3、7、10、15、20天观察培养基是否变黑色,若变黑,说明有类黑色素产生,不变黑,则无类黑色素产生。结果:1、产生;2、不产生
4.4 细胞化学特性
4.4.1 细胞壁DAP型
收集菌体,以6N HCl、120℃水解,水解液用微晶纤维素薄板层析,用DAP及氨基酸标准品做对照,确定该菌株细胞壁中含有LL-DAP
具体方法参见Hasagawa等的薄层层析法(Thin layer chromatography,TLC)[3]
4.4.2 全细胞糖型
收集菌体,用蒸馏水洗涤2-3次,以0.5N HCl、120℃水解,将水解液用微晶纤维素薄板层析,用糖标准品(阿拉伯糖;木糖,半乳糖,马杜拉糖)确定该菌株不含鉴别性的糖。
具体方法参见Hasagawa等的薄层层析法(Thin layer chromatography,TLC)[3]或阮继生等的《放线菌研究及应用》中的方法[2]进行全细胞糖分析。
4.4.3 磷酸类脂
磷酸类脂的提取及分析参见Lechevalier[4]或阮继生等的《放线菌研究及应用》中的方法[6]进行。特征性的磷酸类脂有:磷脂酰乙醇胺;磷脂酰胆碱;磷脂酰甲基乙醇胺;磷脂酰甘油;含葡萄糖胺未知结构的磷酸类脂。确定该菌株为PII型,即含有磷脂酰乙醇胺(PE);
4.4.4 甲基萘醌
甲基萘醌的提取及分析参见Collins[5]或阮继生等的《放线菌研究及应用》中的方法[6]进行。确定该菌株的甲基萘醌型为MK-9(H6)和MK-9(H8)
4.4.5 特征性脂肪酸
脂肪酸提取及分析的具体方法参见阮继生等的《放线菌研究及应用》中的方法[6]进行。链霉菌脂肪酸型为2C型,即含有iso和anteiso FA ,无10-methlFA,无2OHFA,anteisoC15+17>isoC15+17
4.5 基因型信息
4.5.1 DNA碱基(G+C)mol%
DNA的提取及DNA碱基(G+C)mol%分析的具体方法参见阮继生等的《放线菌研究及应用》中的方法[6]进行。(G+C)mol%,单位为%,精确到0.1%。
4.5.2 16s rRNA核甘酸序列注册号
该菌株液体培养至对数生长后期,离心收集菌体,提取基因组DNA模板。采用通用引物进行16S rDNA的PCR扩增,PCR产物经纯化后测序。将所测的16S rDNA序列提交International Nucleotide Sequence Database Collaboration(DDBJ、EMBL或GenBank)数据库登记,获得序列注册号。
参考文献
[1] Williams S.T., Sharpe M.E., Holt J.G. Bergey,s Manual of Systematic Bacteriology
Williams & Wilkins, London, 1989
[2] Williams S.T., Goodfellow M., Alderson G., Welliams E.M.H., et.al Numerical Classification of Streptomyces and Related Genera Journal of General Microbiology 1983,129.1743-1513
[3] Hasagawa T, Takizawa M,Tanida S. A rapid analysis for chemical grouping of aerobic actinomycetes. J Gen Appl Microbiol,1983,29:319-322.
[4] Lechevalier,M.P.and Lechevalier,H.A. The chemotaxonomy of Actinomycetes. In Actinomycete taxonomy 1980.pp.227-291.Edited by Dietz & Thayer. Society for Industrial Microbiology.Arlington,Va.
[5] Collins,M.D.1985.Isoprenoid quinone analysis in bacterial classification and identification.In Chemical methods in Bacterial systematics,pp.267-287.Edited by M.Goodfelliw & D.E.Minnikin.Academic Press.
[6]阮继生 刘志恒 梁丽糯 杨德成编著 <放线菌研究及应用> p80-168,科学出版社 1990年 北京