黄杆菌菌种资源描述规范（草稿）

起草单位：武汉大学

目    次

前言.................................................................................. 47

引言.................................................................................. 48

黄杆菌菌种资源描述规范细则............................................................ 49

1 范围................................................................................ 49

2 术语和定义.......................................................................... 49

3 黄杆菌菌种资源基本信息.............................................................. 49

4 黄杆菌菌种特征特性描述信息.......................................................... 50

参考文献.............................................................................. 51

附表1 国家自然科技资源平台黄杆菌菌种资源描述表........................................ 52

 

 

 

前    言

本规范起草单位：武汉大学、中国农业科学院农业资源与农业区划研究所、中国科学院微生物研究所、中国林业科学研究院森林保护研究所、中国药品生物制品检定所、中国医学科学院医药生物技术研究所、中国兽医药品监察所、中国食品发酵工业研究院。

本规范主要起草人：方呈祥、姜瑞波、顾金刚、周宇光、朴春根、叶强、张月琴、陈敏、程池等。

 

 

 

引    言

黄杆菌（flavobacteria）是一类不形成内生孢子的革兰氏阴性、杆状或球杆状的细菌，广泛存在于土壤、水体（海水或淡水）等生境中，在流通的商品蔬菜和乳制品中也能发现。这类细菌能在不同的温度条件下生长，包括极地的冷环境和高温区域。除少数菌株外，黄杆菌对植物、动物、环境以及人类不产生危害。

黄杆菌属（Flavobacterium）由Bergey 等（1923年）定名。虽然 Jooste（1985年）首先定名黄杆菌科（Flavobacteriaceae），但他对该科没有正式的描述。1992年，Reichenbach 等将黄杆菌科合格化，并发表其相应的详细描述。黄杆菌划归为细菌域（Domain Bacteria）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、黄杆菌纲（Flavobacteria）、黄杆菌目（Flavobacteriales）、黄杆菌科（Flavobacteriaceae）。伯杰氏系统细菌学手册（第一版）中列出了14个属，Bernardet 等（2002年）发表黄杆菌新分类单元最低描述标准时包括18个属，2004年增加到26个属，2005年1月-2006年6月3日，该科就拥有54个属(合格发表或合格化的)。可见，这类细菌的多样性极为丰富。

本规范规定了对不同种类的黄杆菌进行描述应包括的基本内容和要求。

 

 

 

黄杆菌菌种资源描述规范细则

1　范围

1.1　本规范规定了黄杆菌菌种资源描述的内容；

1.2　本规范适用于黄杆菌相关属菌种资源的描述。

2　规范性引用文件

2.1　下列文件中的条款通过本标准的引用而成为本标准的条款。凡是注日期的引用文件，其随后所有的修改单（不包括勘误的内容）或修订版均不适用于本标准，然而，鼓励根据本标准达成协议的各方研究是否可使用这些文件的最新版本。凡是不注日期的引用文件，其最新版本适用于本标准。

2.2　国务院令第424号《病原微生物实验室生物安全管理条例》。

2.3　科技部自然科技资源平台联合管理办公室文件《自然科技资源共性描述规范(试行)》。

2.4　科技部自然科技资源平台联合管理办公室文件《微生物资源分类编码体系(试行)》。

3　术语和定义

3.1　下列术语和定义适用于本规范。

3.2　黄杆菌 (flavobacteria)

3.3　黄杆菌是一类不形成内生孢子的革兰氏阴性、杆状或球杆状的细菌，一般不发酵葡萄糖，大多数种产生色素。

4　黄杆菌菌种资源基本信息

4.1　要求

4.2　应按平台标准《微生物菌种资源共性描述规范》要求对黄杆菌的共性进行描述，具体描述内容逐项记入附录表A中。描述要素分为两类：M 为必需描述的要素；O 为可选要素，其描述与否视具体菌株而定。

4.3　拉丁学名（M）

4.4　应指明该菌株的学名。种的名称应包括属名、种的加词、定名人及定名时间；种级以下分类群的名称应包括属名、种的加词、种下等级的加词、该分类群的定名人及定名时间，种的加词与种以下等级的加词之间用指示其等级的术语（如subsp.）相连，未鉴定到种的菌株以“属名 sp.” 表示。

4.5　中文译名（M）

4.6　应指明该菌株的中文译名。尚无中文译名者，可暂时空缺。

4.7　资源归类编码（M）

4.8　指该菌株在国家自然科技资源平台资源分级归类与编码标准中的编码。具体编码见微生物菌种资源分类编码体系。

4.9　菌株保藏编号（M）

4.10　微生物菌种资源在保存机构的保藏编号，由前缀和菌株编号两部分组成。前缀，即保藏机构名称的缩写，遵照《中国菌种目录》第一和第二版的有关规定。前缀与菌株编号之间应留空格。

4.11　其他保藏单位编号（O）

4.12　该菌株在其他菌种保藏机构中保藏编号。每个其他编号均由等于号开头，如果其编号多于一个时，中间也用等号连接。

4.13　来源历史（O）

4.14　获得该菌株的途径。如菌株转移经过多个保藏机构，则保藏机构之间用一个左指向的箭头连接。

4.15　分离人（O）

4.16　该菌株原始分离人的姓名。

4.17　分离时间（O）

4.18　该菌株的最初分离时间。

4.19　原始编号（O）

4.20　该菌株的最初分离编号。

4.21　鉴定人（M）

4.22　应指明该菌株鉴定人的姓名。

4.23　原产国或地区

4.24　菌种的分离基物采集地所在国家、地区的名称，ISO 国家代码。

4.25　收藏时间（M）

4.26　应指明保藏机构收集、保存该菌株的日期。

4.27　分离基物（源）（O）

4.28　该菌株的分离基物（源），应指明具体分离自何种物质。

4.29　采集地区（O）

4.30　分离基物采集地的行政区划，详细到县。

4.31　生物安全等级（M）

4.32　应指明该菌株的生物安全等级归类，具体参照《病原微生物实验室生物安全管理条例》。

4.33　培养基（M）

4.34　应参照《中国菌种目录》指明该菌株的培养基编号。如果《中国菌种目录》没有收录，应给出该培养基的具体配方及制作方法。

4.35　模式菌株（M）

4.36　应指明该菌株是否为模式菌株。

4.37　生长温度（M）

4.38　应指明该菌株的最适生长温度。

5　黄杆菌菌种特征特性描述信息

5.1　要求

5.2　要求将本章所列条文的内容逐项记入附录表A中,相应特性的具体描述内容详见表A。可根据不同菌种的特性增加描述内容。不同的描述特性可用相应的符号表示，表中出现的所有符号均应加以注解说明。描述要素分为两类：M 为必需描述的要素；O 为可选要素，其描述与否视具体菌株而定。

5.3　表型信息

5.3.1　个体形态特征（M）

5.4　应对黄杆菌的细胞形状、细胞排列方式、革兰氏染色反应、鞭毛、是否形成内生孢子以及是否产生色素等进行描述。

5.4.1　生理特性（M）

5.5　应对黄杆菌的生长条件，包括生长温度与pH、需氧性以及盐的耐受生长、所要求的必需生长因子等进行试验，记录试验结果，并作为特性描述的部分内容。

5.5.1　生化特性（M）

5.6　应对黄杆菌进行以下生化试验，记录试验结果，并作为其特性描述的部分内容。

—— 过氧化氢酶（接触酶）测定

—— 纤维素的降解

—— 碳水化合物发酵产酸试验（碳水化合物种类参见附录A）

—— 从葡萄糖和葡萄糖酸盐发酵产气试验

—— 琼脂的降解

5.6.1　化学特性的测定分析 (O)

5.7　主要包括对黄杆菌全细胞脂肪酸组份、Capnophilic 代谢等进行测定。这些特性的分析有助于对黄杆菌的鉴别；必要时可选择薄层层析或气/液相色谱分析法进行测定，并将测定结果作为特性描述的部分内容。

5.8　遗传信息

5.8.1　DNA 碱基组成（G+C mol %）(O )

5.8.2　16S rRNA基因序列分析 （M）

5.9　将16S rRNA 基因序列提交给 GenBank 注册，提供该序列的注册号。

5.10　其他特性信息 (O )

5.10.1　与人类的关系

5.11　黄杆菌中有些种或菌株可用于工业、农业和医药生产，有的则对人畜致病。对于这些菌种的描述应具体注明其用途或所致疾病名称。

5.11.1　血清学反应

5.12　对于某些细菌，可根据其抗原成份的不同，使用已知的特异性抗体测定其有无相应的抗原，以确定菌株的类型。描述时应注明具体采用的方法、特异性抗体及其反应结果。

5.12.1　抗生素敏感试验

5.13　细菌对不同抗菌药物的敏感程度往往显示该菌株所具有的特性。这种特性有时也成为细菌分类鉴定的指征，必要时可进行该项试验；描述时应注明所采用的具体试验方法，并记录试验结果。

5.13.1　其它补充试验

5.14　附录表A中，包括了主要的描述内容，但并不是全部内容。针对不同的描述对象，可选择附录表A中的部分内容进行菌种资源的描述。必要时，可补充附录表A中未包括的特定描述内容。

参 考 文 献

5.15　[1]  姜瑞波. 2005. 微生物菌种资源共性描述规范(微生物资源平台丛书). 北京: 中国农业科学技术出版社，1-213

5.16　[2]  东秀珠、蔡妙英. 2001. 常见细菌鉴定手册.北京：科学出版社,1-419

5.17　[3]  Krieg R. N., Holt G. J. 1984. Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology. Vol 1, Baltimore: Williams & Wilkins，353-361

5.18　[4]  Bernardet J-F., Nakagawa Y., Holmes B. 2002. Proposed minimal standards for describing new taxa of the family Flavobacteriaceae and emended description of the family,Int. J. Syst. Evol. Microbiol.,52:1049-1070

5.19　[5]  Boone R. D., Castenholz W. R. 2002. Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology(2 nd Ed), Vol 1, New York:Springer-Verlag, 165

 

附表1 国家自然科技资源平台黄杆菌菌种资源描述表

描述日期：     年      月     日

基 本 信 息

拉丁学名

中文译名

资源归类编码

菌株保藏编号

其它保藏机构编号

来源历史

分离人

分离时间

原始编号

鉴定人

原产国

收藏时间

分离基物

采集地区

生物危害等级

培养基

模式菌株

培养温度（℃）

特征特性信息

表   型   信   息

个 体 形 态 特 征

革兰氏染色

阳性

阴性

生   理   特   性

需 氧 性

兼性厌氧生长

细胞形状

杆状

微好氧生长

球杆状

厌氧生长

球状

生长温度 试验（℃）

0

细胞排列方式

单个

10

成对

25

成链

37

鞭毛 (运动性)

42

菌落颜色

NaCl生长 试验（%）

4.0

生   化   特   性

接触酶

氧化酶

6.5

吲哚试验

VP反应

8.0

葡萄糖产气

葡糖酸钠产气

10.0

碳水化合物利用：

18.0

葡萄糖

松三糖

pH生长试验

4.5

半乳糖

蜜二糖

7.0

甘露糖

棉籽糖

8.5

阿拉伯糖

鼠李糖

9.6

纤维二糖

核  糖

化学组份

特征性脂肪酸

木  糖

菊  糖

磷脂型

果  糖

山梨醇

醌  型

β半乳糖苷

蔗  糖

类胡罗卜素

乳  糖

海藻糖

抗生素 试验

氨苄青霉素 (10μg/ml)

麦芽糖

明  胶

氨苄青霉素 (50μg/ml)

七叶灵

淀  粉

氨苄青霉素 (100μg/ml)

甘  油

硝酸盐还原

四环素

纤维素降解

琼脂降解

链霉素

遗传信息

G+C mol %

16S rRNA基因序列 (GenBank注册号)

其 它 信 息

图象信息

保存方法

文献信息