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菌株分型与溯源
MLST

多位点序列分型(multilocus sequence typing, MLST)是一种基于核酸序列测定的常规细菌分型方法。该方法由多位点酶电泳(multilocus enzyme electroiphoresis, MLEE)方法发展而来,通过直接测定细菌表达代谢相关酶的管家基因(House-keeping gene)的核苷酸序列,分析细菌进化和群体生物学特征,从而进行分型。

MLST一般测定6-10个管家基因内部400-600bp片段的核苷酸序列,每个位点的序列根据其发现的时间顺序赋予一个等位基因编号,每一株菌的等位基因编号按照指定的顺序排列就是其等位基因谱,即是这株菌的ST(sequence type)。这样得到的每一个ST均代表一组单独的核苷酸序列信息,通过比较ST可以发现菌株的相关性。

MLST分析方法:针对管家基因设计引物对其进行PCR扩增和测序,得出每个菌株各个位点的等位基因数值,然后进行等位基因图谱(allelic profile)或序列类型(sequence types, STs)鉴定,再根据等位基因图谱使用配对差异矩阵(matrix pair-wise differences)等方法构建系统树图进行聚类分析。实际运用中,对于已有的成熟MLST方案的细菌,可直接从MLST数据库中获取分型方案。

MLST可以准确地记录细菌基因水平上的变异,并且核酸序列容易获取,所以该方法不仅被用于研究细菌的流行病学、群体生物学、致病性和进化,而且还可以用来追溯耐药菌株的来源和传播。


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