以系统发育标记基因构建克隆文库是评估微生物群落组成和多样性广泛使用的方法。建立在Sanger测序技术产生的长读取长度，克隆文库的序列分析提供了无与伦比的系统发育分辨率。因其不需要得到环境中微生物的纯培养物, 突破了传统上利用微生物分离纯化方法，调查环境中微生物多样性的诸多限制，该方法广泛运用于土壤、水体、沉积物、肠道、发酵食品、污染样品等多种生态系统中微生物多样性的调查，分析环境样品中细菌、古细菌和真菌的群落组成。
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